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1、Reaxys 實用功能介紹目錄一、 Reaxys 結構面板詳解31： Reaxys 中的檢索模式32： Reaxys 結構面板中的功能4A：選擇，橡皮，鍵，鏈工具5不定位鍵的使用6配位鍵的使用7B：開放取代，原子鎖定，重復基團，R 基團，原子匹配8S Max 開放取代8S Lock 原子鎖定9重復基團定義10R 基團自定義11反應箭頭，原子匹配工具13C：常見的環(huán)系結構，糖分子13D：縮寫官能團，Generic Group ，元素周期表，Atom List/Not List定義14縮寫官能團定義14Generic Group通用官能團定義15元素周期表，Atom List/Not List定義
2、16E：通用原子，原子查詢屬性，常見原子18通用原子與原子查詢屬性定義18s+/s- 的使用20s*的使用20h+/h- 的使用21v+/v- 的使用21rb+/rb-的使用22rb* 的使用23u 的使用25F：鼠標右鍵的使用25原子鼠標右鍵功能26同位素定義27鍵鼠標右鍵功能28鍵的拓撲屬性定義28反應中心定義28異構中心定義29二、 Reaxys 中反應查詢301：反應檢索中常用定義工具30原子鎖定工具301環(huán)鎖定工具30碎片反應定義工具312：條件篩選時常用的篩選工具32篩選工具概覽33催化劑分類工具33溶劑分類工具35反應類型分類工具363：其他反應檢索36關鍵詞聯(lián)合反應檢索方法36
3、反應中溫度，時間，壓力等條件定義36三、合成計劃的制定382一、 Reaxys 結構面板詳解1： Reaxys中的檢索模式Reaxys 中涉及結構， 反應的檢索模式一共有3 種，As Drawn ， As Substructure,As Similar ，定義如下：As Drawn ：檢索到的結構完全和所繪制結構一樣，繪制的結構中可以定義重復片段，可以定義允許開放的原子As Substructure：對結構中沒有繪制出來或者延展出來的H 進行任意取代，但是核心結構必須和所繪制的一樣As Similar ：檢索和所繪制結構相似的結構，可以是取代的相似，也可以是母核結構的相似，用不同的相似級別控制
4、結構的輸出。如果用同一個結構同時進行3 種結構的檢索，相互之間的包容關系如下：32： Reaxys結構面板中的功能Reaxys 中的結構面板全圖：基本功能從名稱創(chuàng)建結構Part APart DPart BPart EPart C基本功能：從左至右依次是，新建結構，打開結構，保存結構，向前撤銷，向后撤銷，剪切，復制，粘帖，放大縮小，鼠標放置具體功能上，可以看到功能定義。對于絕大多數(shù)用戶習慣的從 Chemdraw中復制結構到Reaxys 面板，采用的方式是， 在 Chemdraw中將結構復制成Smile 格式， Ctrl+Alt+C，進入 Reaxys 后，先點擊面板激活，Ctrl+V復制過來即可
5、。4A：選擇，橡皮，鍵，鏈工具選擇鍵中的兩個選項，矩形選擇和自由選擇鉛筆單鍵雙鍵三鍵芳香鍵單鍵上單鍵下單 鍵 上或下雙 鍵 順順 反 或單 鍵 或單 鍵 或或反未定義雙鍵芳香鍵雙 鍵 或不 確 定配位鍵不 定 位芳香鍵鍵鍵功能詳解（依次從上到下） ：選擇功能，矩形選擇框用于矩形選擇，圓形選擇框用于自由選擇，如果所需要選擇的原子和基團太過復雜，可以按住Shift ，然后用鼠標點選所需選擇的原子，即可橡皮工具，用于擦掉一個原子或鍵鍵工具，點選右下角的黑色按鈕，可以看到Reaxys 中的 16 種鍵的定義，可以參考上圖表格中的具體定義鏈工具，用于繪制鏈5不定位鍵的使用不定位鍵，用于繪制可變位置的取代
6、鍵。鏈接位置可以在環(huán)結構上，也可以在鏈結構上。如以下結構，需要在1， 2， 3 ，4 ，5 號碳原子上鏈接一個NH2 ，但是具體位置不定，繪制方法如下：1：用選擇工具選擇1， 2， 3， 4， 5 號原子（可以按住Shift ，點選需要的原子）2：選擇好后，添加不定位鍵，默認添加一個甲基，3：將 CH3 換成 NH2 ，如下6配位鍵的使用配位鍵，主要用于繪制配位化合物，如二茂鐵的繪制過程如下：1：先繪制兩個環(huán)戊二烯，并選擇其中一個環(huán)戊二烯，如下：2：在當前選擇下，點擊配位鍵按鈕，添加一根配位鍵，默認添加一個CH4 ，如下：3：重復上述兩個步驟，在另外一個環(huán)戊二烯上也添加一根配位鍵，并將這兩個C
7、H4 拖至重疊，并換成Fe 即可，如下兩個圖7B：開放取代，原子鎖定，重復基團，R 基團，原子匹配開放取代功能，適用于As Drawn檢索原子鎖定功能，適用于As Substructure功能重復基團定義工具Smart R 功能，用于R 基團自定義功能R Group Attachment，用于 R 基團自定義時末端原子定義反應箭頭，反應方向原子匹配工具，用于定義反應前后匹配原子S Max 開放取代功能名稱：開放取代，使用方法：鼠標點擊該功能后，點擊需要標記的原子即可功能定義：用于As Drawn檢索，在該檢索模式下，如果使用原子開放取代功能，標記結構中的原子，等同于在進行As Drawn檢索時
8、，允許在被標記的位點上發(fā)生任意取代，該原子會被標記上S6如：As Drawn檢索以下結構：8可以出現(xiàn)的結構是：S Lock原子鎖定功能名稱：原子鎖定功能使用方法：鼠標點擊該功能后，點擊需要標記的原子即可功能定義：用于As Substructure檢索，在該檢索模式下，如果使用原子鎖定功能，標記結構中的原子，等同于在進行As Substructure檢索時，被標記的原子上不能發(fā)生取代，該原子會被標記上S*如：As Substructure檢索以下結構：9可以出現(xiàn)的結構是：重復基團定義功能名稱：重復基團定義工具使用方法：點擊該工具，選擇需要重復的基團，輸入重復閾值功能定義： As Drawn ，A
9、s Substructure檢索模式下皆能使用，用于定義結構中存在的，確定的重復片段，通常意義上來說，定義在鏈上，用于控制鏈的長短，如果定義在環(huán)里面，可控制環(huán)結構的大小。結構繪制方法：10R基團自定義功能名稱： Smart R ， R Group Attachment，通常會一起使用使用方法：先用R Group Attachment定義 R Group的多個片段中可以連接到母體結構的末端原子，在用Smart R將片段全部擴選至一個整體，最用將定義好的R 鏈接至母體結構即可功能定義：用于自定義 R 基團繪制以下結構：結構中， R1 基團可以是以下3 種官能團，且通過被標記原子和吡啶環(huán)相連接：繪制
10、方法：1：繪制 3 個基團，并用R Group Attachment功能分別標記能與吡啶相連接的原子，可以看到 3 個原子上會出現(xiàn)一個的標記：112 ：繼續(xù)用 Smart R將 3 個片段擴選起來，即可完成R1 基團的定義12反應箭頭，原子匹配工具功能名稱，反應方向箭頭，原子匹配工具使用方法，反應方向箭頭用于定義反應方向，原子匹配工具用于定義反應前后必須匹配的原子，使用原子匹配工具，在反應前后必須匹配的原子之間拉一條線，完成標記后，兩個原子上會被標記上同樣的數(shù)字，如下：C：常見的環(huán)系結構，糖分子對于不同的環(huán)系結構，糖分子，直接選擇后點擊結構面板即可使用。13D ：縮寫官能團，GenericGr
11、oup ，元素周期表，AtomList/Not List定義縮寫官能團，用于定義一些常見的縮寫官能團Generic Group，用于定義一些通用官能團元素周期表，用于定義不同的元素，并包含Atom List， Not List功能縮寫官能團定義點擊功能鍵，直接輸入官能團名稱，即可繪制出對應官能團勾選 Expand ，可以展開該官能團14Generic Group 通用官能團定義? 用于定義一些常見通用官能團，打開后如下，分鏈系，環(huán)系兩個表格鏈系表格：Reaxys 鏈系通用官能團定義：ACY：任意的鏈ABC：任意 C 鏈（只含C 原子）AYL：含有炔基取代的鏈ALK:含有烷基取代的鏈（飽和鏈）A
12、EL:含有烯基取代的鏈AHC:含有雜原子的鏈AOX:烷氧基其他帶 H 的分別是，前面對應基團或H。環(huán)系表格：Reaxys 環(huán)系通用官能團定義：CYC：任意的環(huán)CBC：任意 C 環(huán)（只含C 原子）ARY：芳香基（只含C 原子）CAL: 環(huán)烷基（飽和C 環(huán)）CEL: 環(huán)烯基（不飽和C 環(huán)）CHC:任意雜環(huán)HAR:含雜原子的芳香環(huán)CXX：不含 C 原子的環(huán)其他帶 H 的分別是，前面對應基團或H。15G 與 G*的定義：定義如下：?G 代表的是任意基團，GH 表示的是任意基團或H?G* 和 G 的區(qū)別是， G*所連接的基團允許和母體成環(huán)，G 不允許成環(huán)元素周期表， Atom List/Not List
13、 定義? 用于定義原子? 用于定義不允許發(fā)生取代的原子列表，和允許發(fā)生取代的原子列表16Not List的使用：NotList用于定義結構上不能發(fā)生取代的原子，如希望定義某原子上不能發(fā)生N,O,S 取代，步驟如下：1 ：打開元素周期表，點擊Not List2 ：點擊 N ，O ，S，點擊 OK3 ：將 Not List列表鏈接到原子上定義好的結構如下：17Not List和 Atom List的一些說明：?使用 As Drawn ，只接 1 個原子，且該原子會處于Block 狀態(tài)? 使用 As Substructure ，相當于原子的允許 / 不允許，該原子默認開放? Not List 默認表
14、示該位點是有取代的E：通用原子，原子查詢屬性，常見原子通用原子與原子屬性定義一些常用的原子，通用原子與原子查詢屬性定義? 用于定義一些通用原子，以及原子屬性的定義? 點開右下的黑圖標，可以看到18A：任意非 H 原子Q：任意非 C，H 原子M ：任意金屬X：鹵素AH ：任意原子（含H ）QH ：任意非 C 原子（含 H）MH ：任意金屬和 HXH ：任意鹵素和 HQuery prop:原子查詢屬性列表原子查詢屬性列表定義：19說明：? 有顏色標記的目前在 Reaxys 中不起作用，? 功能需要配合 As Drawn/As Substructue的不同檢索模式，如下：功能名稱起作用模式實現(xiàn)功能h
15、+/h-As Substructue定義原子上確定的 H 的個數(shù)v+/v-As Substructue定于原子的價態(tài)rb+/rb-As Substructue定義原子上確定的環(huán)鍵的個數(shù)rb*As Substructue鎖定原子上的環(huán)鍵，允許取代，但不允許成環(huán)uAs Substructue定義原子上一定存在不飽和鍵或在芳環(huán)中s*As Substructue鎖定原子，不允許發(fā)生取代s+/s-As Drawn定義原子上最大取代基個數(shù)s+/s- 的使用As Drawn檢索時使用，定義標記的原子的最大非H 取代數(shù)，在 As Drawn檢索時如果需要開放特定原子， 可以用該工具標記該原子上的最大取代基個數(shù)
16、。s Max 是 s+/s-的一個特殊的用法，用于標記最大取代基個數(shù)。s*的使用As Substructure檢索時，等同于S Lock ，讓被標記的原子不發(fā)生取代，參考SLock 的使用 。20h+/h- 的使用As Substructure檢索時，定義原子上必須出現(xiàn)的H 的個數(shù)。v+/v- 的使用As Substructure檢索時，定義原子的價位。如， As Substructure檢索以下結構 ：會出現(xiàn)以下的結果：可以發(fā)現(xiàn)結構中的S，可以是 2 價， 4 價， 6 價，如果需要S 一定是 2 價，或者是4 價，可以使用v+/v- 將 S 原子標記為v2 ，或者 v4 即可。使用方法，選
17、擇v+/v- 后，點擊 S 原子即可。如用以下結構進行As Substructure檢索， S 一定是 2 價，而不會出現(xiàn)亞砜和砜的結構。21檢索到的結果如下：rb+/rb-的使用As Substructure檢索時，定義原子上確定的環(huán)鍵的個數(shù)。如，亞結構檢索檢索以下結構：會出現(xiàn)以下結構 ：可以發(fā)現(xiàn)，被標記的C 原子上會出現(xiàn)不同數(shù)量的環(huán)鍵（雙鍵算1 根環(huán)鍵），如果需22要被標記的C 原子上一定要有3 根環(huán)鍵，可以使用 rb+/rb-將 C 原子標記為rb3 即可。使用方法，選擇rb+/rb-后，點擊C 原子即可。如用以下結構進行As Substructure檢索， C 上一定有 3 根環(huán)鍵。檢
18、索到的結構如下：rb* 的使用As Substructure檢索時，被 rb* 標記的原子不能再發(fā)生稠環(huán)取代，但允許鏈取代，而結構中的其他未標記的原子，可以發(fā)生稠環(huán)取代，也可以發(fā)生鏈取代。如用 As Substructure檢索以下結構：23可以出現(xiàn)以下的結果，注意被標記的原子：被標記的原子上取代情況：? 存在鏈取代? 存在稠環(huán)取代? 沒有取代，而結構中其他位點存在鏈取代，或者稠環(huán)取代。如果只是希望被標記的原子不允許出現(xiàn)稠環(huán)取代，但是其他原子允許發(fā)生稠環(huán)取代，可以使用 rb* 標記該原子。使用方法，選擇rb* ，點擊該原子即可，如下：檢索到的結果如下：24u 的使用As Substructur
19、e檢索時，被 u 標記的原子上一定會存在一個不飽和鍵，或者該原子會出現(xiàn)在芳環(huán)中。使用方法，用u 標記該原子即可。如As Substructure檢索以下結構：檢索出來的結構如下，注意被u 標記的原子上鏈接的基團：F：鼠標右鍵的使用鼠標處于選擇鍵上時，可以使用鼠標右鍵，點擊原子和鍵，用于定義被選中的原子和鍵的一些其他屬性，如：同位素屬性，鍵的拓撲性，反應鍵變化，異構中心。25原子鼠標右鍵功能右鍵點擊原子，可以打開原子右鍵功能菜單，如下：常用功能：?+R Group attachment， -R Group attachment等同于結構面板中的RGroup attachment，可以查看之前相關
20、內(nèi)容。?Atom Properties，原子屬性列表26同位素定義如果需要定義同位素，方法如下：1. 選擇該原子，右鍵打開 Atom Properties2. 點擊 Isotope 后面的“鎖”3.輸入同位素的質量數(shù)，如需定義C13 ，輸入 13 即可。4. 氘代，氚代，可以用 D ，T 表示，用鍵盤輸入即可。標記完的結構如下：27鍵鼠標右鍵功能右鍵點擊鍵，可以打開鍵的右鍵功能菜單，如下：常用功能：? Topology ，鍵的拓撲屬性定義? Reacting center ，反應中心定義? Stereo search ，異構中心定義鍵的拓撲屬性定義Topology，鍵的拓撲屬性定義，可以定義一
21、根鍵是在環(huán)中，還是在鏈里面， 常見的應用場景是需要某根鍵一定要在環(huán)，或者鏈中，可以定義鍵in ring或是 in chain 。反應中心定義Reacting center，反應中心定義， 可以反應中鍵變化的情況，常見的應用是定義反28應中生成或者斷裂的鍵。可以定義反應中的某一根鍵的屬性是make or break，被標記的鍵在反應過程中一定會發(fā)生斷裂或者是一根生成鍵。異構中心定義Stereo search，異構中心定義，定義結構中確定的異構構型，如順反異構。如對于一根雙鍵上進行屬性定義，可以定義該雙鍵的順反屬性，默認是off ，不論順反，如繪制成on ，系統(tǒng)將按照繪制的順反情況進行檢索，加上O
22、n 的結構：29二、 Reaxys 中反應查詢1：反應檢索中常用定義工具原子鎖定工具在進行 As Substructure檢索時，如果需要某原子上不能發(fā)生任何取代，可以使用原子鎖定工具，可以參考s* 和 s Lock 功能的使用。如下圖的定義：用 As Substructure對上述結構進行檢索， 產(chǎn)物中的亞甲基和羥基都被標記上了s* ，表示在檢索時不能發(fā)生取代。環(huán)鎖定工具在進行 As Substructure檢索時，如果需要結構中允許發(fā)生取代，但是不能發(fā)生稠環(huán)，可以去除結構面板中Additional Ring Closures，保證整個結構面板中的環(huán)系不發(fā)生破壞。如下，As substruc
23、ture檢索這條反應， 將結構面板中的Additional Ring Closures去除。30得到的結果中，苯環(huán)上允許發(fā)生取代，但是都不能發(fā)生稠環(huán)變化。碎片反應定義工具反應檢索時，如果需要一些特定的片段以任意形式相連接，可以采用 KeepFragments together定義。操作步驟如下：1.結構面板中定義好片段2.點擊右下方 More Option3.選擇 Keep Fragments Together即可完成定義31More Options下的選項 ：這樣定義出來的反應，反應箭頭前后的兩個片段都會在一個結構當中。2：條件篩選時常用的篩選工具Reaxys 提供了多種反應篩選工具，幫助對
24、反應進行篩選。32篩選工具概覽獲得反應后，左側可以看到反應篩選的工具欄，如下：通過結構進行反應過濾產(chǎn)率過濾工具催化劑 / 試劑過濾工具溶劑過濾工具催化劑類型過濾工具溶劑類型過濾工具產(chǎn)物可購買性過濾工具反應物可購買性過濾工具反應類型過濾工具文獻類型過濾工具出版年限過濾工具單步反應催化劑分類工具Catalyst Classes可以按照活性中心， 非均相催化，生物催化來對催化劑進行分類，幫助通過不同的路徑快速獲得最相關的催化劑。使用步驟如下：33：打開 CatalystClasses ，點擊 More ：呈現(xiàn)出Catalyst分類的樹狀圖：點擊不同分類前面的箭頭，可按照需求篩選反應或者查看催化劑。3
25、4溶劑分類工具SolventClasses 可以按照溶劑的不同特性，來對溶劑進行分類，幫助通過不同的路徑快速獲得最相關的溶劑劑。使用步驟如下：打開 Solvent Classes，點擊最下方的More ：2：呈現(xiàn)出 Solvent分類的樹狀圖，按照CatalystClasses 的方法進行篩選35反應類型分類工具ReactionClasses 可以不同的反應類型對反應進行分類，操作步驟和上述催化劑，溶劑類型相似。3：其他反應檢索關鍵詞聯(lián)合反應檢索方法利用 Query Builder可以實現(xiàn)關鍵詞聯(lián)合反應檢索。在Query Builder模式下，添加結構和關鍵詞兩個字段，即可實現(xiàn)關鍵詞聯(lián)合反應結
26、構檢索，如下：反應中溫度，時間，壓力等條件定義利用 Reaxys Forms里面的 Reaction ，實現(xiàn)溫度，時間，壓力的定義，按照以下圖中的標記按鈕，依次點擊Query Builder， Forms ， Reaxys Forms，Reaction即可打開 Reaxys 系統(tǒng)中的設定的反應定義模式，通過該模塊可以添加反應的溫度，時間，壓力等條件。36選擇好的頁面如下，在對應字段添加時間，溫度，壓力即可。37三、合成計劃的制定可以利用Reaxys中的SynthesisPlan工具進行合成計劃的制定，如下，制定Gefitinib的合成計劃。1： Reaxys 中檢索到Gefitinib，點擊 Synthesis Plan按鈕進行合成計劃制定，2：點擊后出現(xiàn)選擇進行手動或自動計劃制定，選擇手動，3：Reaxys 給出 Gefitinib的合成路線，選擇合適的反應后， 添加到 Synthesis Plan中，384：在 Synthesis Plan中可以點擊虛線查看反應條件。5：對于每一個結構，都可以點擊Synthesis Plan按鈕，繼續(xù)添加反應6：最后形成的Plan 如下，可以進行保存，輸出。3940
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