Reaxys實用功能介紹

Reaxys 實用功能介紹目錄一、 Reaxys 結(jié)構(gòu)面板詳解31： Reaxys 中的檢索模式32： Reaxys 結(jié)構(gòu)面板中的功能4A：選擇，橡皮，鍵，鏈工具5不定位鍵的使用6配位鍵的使用7B：開放取代，原子鎖定，重復(fù)基團(tuán)，R 基團(tuán)，原子匹配8S Max 開放取代8S Lock 原子鎖定9重復(fù)基團(tuán)定義10R 基團(tuán)自定義11反應(yīng)箭頭，原子匹配工具13C：常見的環(huán)系結(jié)構(gòu)，糖分子13D：縮寫官能團(tuán)，Generic Group ，元素周期表，Atom List/Not List定義14縮寫官能團(tuán)定義14Generic Group通用官能團(tuán)定義15元素周期表，Atom List/Not List定義16E：通用原子，原子查詢屬性，常見原子18通用原子與原子查詢屬性定義18s+/s- 的使用20s*的使用20h+/h- 的使用21v+/v- 的使用21rb+/rb-的使用22rb* 的使用23u 的使用25F：鼠標(biāo)右鍵的使用25原子鼠標(biāo)右鍵功能26同位素定義27鍵鼠標(biāo)右鍵功能28鍵的拓?fù)鋵傩远x28反應(yīng)中心定義28異構(gòu)中心定義29二、 Reaxys 中反應(yīng)查詢301：反應(yīng)檢索中常用定義工具30原子鎖定工具301環(huán)鎖定工具30碎片反應(yīng)定義工具312：條件篩選時常用的篩選工具32篩選工具概覽33催化劑分類工具33溶劑分類工具35反應(yīng)類型分類工具363：其他反應(yīng)檢索36關(guān)鍵詞聯(lián)合反應(yīng)檢索方法36反應(yīng)中溫度，時間，壓力等條件定義36三、合成計劃的制定382一、 Reaxys 結(jié)構(gòu)面板詳解1： Reaxys中的檢索模式Reaxys 中涉及結(jié)構(gòu)， 反應(yīng)的檢索模式一共有3 種，As Drawn ， As Substructure,As Similar ，定義如下：As Drawn ：檢索到的結(jié)構(gòu)完全和所繪制結(jié)構(gòu)一樣，繪制的結(jié)構(gòu)中可以定義重復(fù)片段，可以定義允許開放的原子As Substructure：對結(jié)構(gòu)中沒有繪制出來或者延展出來的H 進(jìn)行任意取代，但是核心結(jié)構(gòu)必須和所繪制的一樣As Similar ：檢索和所繪制結(jié)構(gòu)相似的結(jié)構(gòu)，可以是取代的相似，也可以是母核結(jié)構(gòu)的相似，用不同的相似級別控制結(jié)構(gòu)的輸出。如果用同一個結(jié)構(gòu)同時進(jìn)行3 種結(jié)構(gòu)的檢索，相互之間的包容關(guān)系如下：32： Reaxys結(jié)構(gòu)面板中的功能Reaxys 中的結(jié)構(gòu)面板全圖：基本功能從名稱創(chuàng)建結(jié)構(gòu)Part APart DPart BPart EPart C基本功能：從左至右依次是，新建結(jié)構(gòu)，打開結(jié)構(gòu)，保存結(jié)構(gòu)，向前撤銷，向后撤銷，剪切，復(fù)制，粘帖，放大縮小，鼠標(biāo)放置具體功能上，可以看到功能定義。對于絕大多數(shù)用戶習(xí)慣的從 Chemdraw中復(fù)制結(jié)構(gòu)到Reaxys 面板，采用的方式是， 在 Chemdraw中將結(jié)構(gòu)復(fù)制成Smile 格式， Ctrl+Alt+C，進(jìn)入 Reaxys 后，先點擊面板激活，Ctrl+V復(fù)制過來即可。4A：選擇，橡皮，鍵，鏈工具選擇鍵中的兩個選項，矩形選擇和自由選擇鉛筆單鍵雙鍵三鍵芳香鍵單鍵上單鍵下單 鍵 上或下雙 鍵 順順 反 或單 鍵 或單 鍵 或或反未定義雙鍵芳香鍵雙 鍵 或不 確 定配位鍵不 定 位芳香鍵鍵鍵功能詳解（依次從上到下） ：選擇功能，矩形選擇框用于矩形選擇，圓形選擇框用于自由選擇，如果所需要選擇的原子和基團(tuán)太過復(fù)雜，可以按住Shift ，然后用鼠標(biāo)點選所需選擇的原子，即可橡皮工具，用于擦掉一個原子或鍵鍵工具，點選右下角的黑色按鈕，可以看到Reaxys 中的 16 種鍵的定義，可以參考上圖表格中的具體定義鏈工具，用于繪制鏈5不定位鍵的使用不定位鍵，用于繪制可變位置的取代鍵。鏈接位置可以在環(huán)結(jié)構(gòu)上，也可以在鏈結(jié)構(gòu)上。如以下結(jié)構(gòu)，需要在1， 2， 3 ，4 ，5 號碳原子上鏈接一個NH2 ，但是具體位置不定，繪制方法如下：1：用選擇工具選擇1， 2， 3， 4， 5 號原子（可以按住Shift ，點選需要的原子）2：選擇好后，添加不定位鍵，默認(rèn)添加一個甲基，3：將 CH3 換成 NH2 ，如下6配位鍵的使用配位鍵，主要用于繪制配位化合物，如二茂鐵的繪制過程如下：1：先繪制兩個環(huán)戊二烯，并選擇其中一個環(huán)戊二烯，如下：2：在當(dāng)前選擇下，點擊配位鍵按鈕，添加一根配位鍵，默認(rèn)添加一個CH4 ，如下：3：重復(fù)上述兩個步驟，在另外一個環(huán)戊二烯上也添加一根配位鍵，并將這兩個CH4 拖至重疊，并換成Fe 即可，如下兩個圖7B：開放取代，原子鎖定，重復(fù)基團(tuán)，R 基團(tuán)，原子匹配開放取代功能，適用于As Drawn檢索原子鎖定功能，適用于As Substructure功能重復(fù)基團(tuán)定義工具Smart R 功能，用于R 基團(tuán)自定義功能R Group Attachment，用于 R 基團(tuán)自定義時末端原子定義反應(yīng)箭頭，反應(yīng)方向原子匹配工具，用于定義反應(yīng)前后匹配原子S Max 開放取代功能名稱：開放取代，使用方法：鼠標(biāo)點擊該功能后，點擊需要標(biāo)記的原子即可功能定義：用于As Drawn檢索，在該檢索模式下，如果使用原子開放取代功能，標(biāo)記結(jié)構(gòu)中的原子，等同于在進(jìn)行As Drawn檢索時，允許在被標(biāo)記的位點上發(fā)生任意取代，該原子會被標(biāo)記上S6如：As Drawn檢索以下結(jié)構(gòu)：8可以出現(xiàn)的結(jié)構(gòu)是：S Lock原子鎖定功能名稱：原子鎖定功能使用方法：鼠標(biāo)點擊該功能后，點擊需要標(biāo)記的原子即可功能定義：用于As Substructure檢索，在該檢索模式下，如果使用原子鎖定功能，標(biāo)記結(jié)構(gòu)中的原子，等同于在進(jìn)行As Substructure檢索時，被標(biāo)記的原子上不能發(fā)生取代，該原子會被標(biāo)記上S*如：As Substructure檢索以下結(jié)構(gòu)：9可以出現(xiàn)的結(jié)構(gòu)是：重復(fù)基團(tuán)定義功能名稱：重復(fù)基團(tuán)定義工具使用方法：點擊該工具，選擇需要重復(fù)的基團(tuán)，輸入重復(fù)閾值功能定義： As Drawn ，As Substructure檢索模式下皆能使用，用于定義結(jié)構(gòu)中存在的，確定的重復(fù)片段，通常意義上來說，定義在鏈上，用于控制鏈的長短，如果定義在環(huán)里面，可控制環(huán)結(jié)構(gòu)的大小。結(jié)構(gòu)繪制方法：10R基團(tuán)自定義功能名稱： Smart R ， R Group Attachment，通常會一起使用使用方法：先用R Group Attachment定義 R Group的多個片段中可以連接到母體結(jié)構(gòu)的末端原子，在用Smart R將片段全部擴(kuò)選至一個整體，最用將定義好的R 鏈接至母體結(jié)構(gòu)即可功能定義：用于自定義 R 基團(tuán)繪制以下結(jié)構(gòu)：結(jié)構(gòu)中， R1 基團(tuán)可以是以下3 種官能團(tuán)，且通過被標(biāo)記原子和吡啶環(huán)相連接：繪制方法：1：繪制 3 個基團(tuán)，并用R Group Attachment功能分別標(biāo)記能與吡啶相連接的原子，可以看到 3 個原子上會出現(xiàn)一個的標(biāo)記：112 ：繼續(xù)用 Smart R將 3 個片段擴(kuò)選起來，即可完成R1 基團(tuán)的定義12反應(yīng)箭頭，原子匹配工具功能名稱，反應(yīng)方向箭頭，原子匹配工具使用方法，反應(yīng)方向箭頭用于定義反應(yīng)方向，原子匹配工具用于定義反應(yīng)前后必須匹配的原子，使用原子匹配工具，在反應(yīng)前后必須匹配的原子之間拉一條線，完成標(biāo)記后，兩個原子上會被標(biāo)記上同樣的數(shù)字，如下：C：常見的環(huán)系結(jié)構(gòu)，糖分子對于不同的環(huán)系結(jié)構(gòu)，糖分子，直接選擇后點擊結(jié)構(gòu)面板即可使用。13D ：縮寫官能團(tuán)，GenericGroup ，元素周期表，AtomList/Not List定義縮寫官能團(tuán)，用于定義一些常見的縮寫官能團(tuán)Generic Group，用于定義一些通用官能團(tuán)元素周期表，用于定義不同的元素，并包含Atom List， Not List功能縮寫官能團(tuán)定義點擊功能鍵，直接輸入官能團(tuán)名稱，即可繪制出對應(yīng)官能團(tuán)勾選 Expand ，可以展開該官能團(tuán)14Generic Group 通用官能團(tuán)定義? 用于定義一些常見通用官能團(tuán)，打開后如下，分鏈系，環(huán)系兩個表格鏈系表格：Reaxys 鏈系通用官能團(tuán)定義：ACY：任意的鏈ABC：任意 C 鏈（只含C 原子）AYL：含有炔基取代的鏈ALK:含有烷基取代的鏈（飽和鏈）AEL:含有烯基取代的鏈AHC:含有雜原子的鏈AOX:烷氧基其他帶 H 的分別是，前面對應(yīng)基團(tuán)或H。環(huán)系表格：Reaxys 環(huán)系通用官能團(tuán)定義：CYC：任意的環(huán)CBC：任意 C 環(huán)（只含C 原子）ARY：芳香基（只含C 原子）CAL: 環(huán)烷基（飽和C 環(huán)）CEL: 環(huán)烯基（不飽和C 環(huán)）CHC:任意雜環(huán)HAR:含雜原子的芳香環(huán)CXX：不含 C 原子的環(huán)其他帶 H 的分別是，前面對應(yīng)基團(tuán)或H。15G 與 G*的定義：定義如下：?G 代表的是任意基團(tuán)，GH 表示的是任意基團(tuán)或H?G* 和 G 的區(qū)別是， G*所連接的基團(tuán)允許和母體成環(huán)，G 不允許成環(huán)元素周期表， Atom List/Not List 定義? 用于定義原子? 用于定義不允許發(fā)生取代的原子列表，和允許發(fā)生取代的原子列表16Not List的使用：NotList用于定義結(jié)構(gòu)上不能發(fā)生取代的原子，如希望定義某原子上不能發(fā)生N,O,S 取代，步驟如下：1 ：打開元素周期表，點擊Not List2 ：點擊 N ，O ，S，點擊 OK3 ：將 Not List列表鏈接到原子上定義好的結(jié)構(gòu)如下：17Not List和 Atom List的一些說明：?使用 As Drawn ，只接 1 個原子，且該原子會處于Block 狀態(tài)? 使用 As Substructure ，相當(dāng)于原子的允許 / 不允許，該原子默認(rèn)開放? Not List 默認(rèn)表示該位點是有取代的E：通用原子，原子查詢屬性，常見原子通用原子與原子屬性定義一些常用的原子，通用原子與原子查詢屬性定義? 用于定義一些通用原子，以及原子屬性的定義? 點開右下的黑圖標(biāo)，可以看到18A：任意非 H 原子Q：任意非 C，H 原子M ：任意金屬X：鹵素AH ：任意原子（含H ）QH ：任意非 C 原子（含 H）MH ：任意金屬和 HXH ：任意鹵素和 HQuery prop:原子查詢屬性列表原子查詢屬性列表定義：19說明：? 有顏色標(biāo)記的目前在 Reaxys 中不起作用，? 功能需要配合 As Drawn/As Substructue的不同檢索模式，如下：功能名稱起作用模式實現(xiàn)功能h+/h-As Substructue定義原子上確定的 H 的個數(shù)v+/v-As Substructue定于原子的價態(tài)rb+/rb-As Substructue定義原子上確定的環(huán)鍵的個數(shù)rb*As Substructue鎖定原子上的環(huán)鍵，允許取代，但不允許成環(huán)uAs Substructue定義原子上一定存在不飽和鍵或在芳環(huán)中s*As Substructue鎖定原子，不允許發(fā)生取代s+/s-As Drawn定義原子上最大取代基個數(shù)s+/s- 的使用As Drawn檢索時使用，定義標(biāo)記的原子的最大非H 取代數(shù)，在 As Drawn檢索時如果需要開放特定原子， 可以用該工具標(biāo)記該原子上的最大取代基個數(shù)。s Max 是 s+/s-的一個特殊的用法，用于標(biāo)記最大取代基個數(shù)。s*的使用As Substructure檢索時，等同于S Lock ，讓被標(biāo)記的原子不發(fā)生取代，參考SLock 的使用 。20h+/h- 的使用As Substructure檢索時，定義原子上必須出現(xiàn)的H 的個數(shù)。v+/v- 的使用As Substructure檢索時，定義原子的價位。如， As Substructure檢索以下結(jié)構(gòu) ：會出現(xiàn)以下的結(jié)果：可以發(fā)現(xiàn)結(jié)構(gòu)中的S，可以是 2 價， 4 價， 6 價，如果需要S 一定是 2 價，或者是4 價，可以使用v+/v- 將 S 原子標(biāo)記為v2 ，或者 v4 即可。使用方法，選擇v+/v- 后，點擊 S 原子即可。如用以下結(jié)構(gòu)進(jìn)行As Substructure檢索， S 一定是 2 價，而不會出現(xiàn)亞砜和砜的結(jié)構(gòu)。21檢索到的結(jié)果如下：rb+/rb-的使用As Substructure檢索時，定義原子上確定的環(huán)鍵的個數(shù)。如，亞結(jié)構(gòu)檢索檢索以下結(jié)構(gòu)：會出現(xiàn)以下結(jié)構(gòu) ：可以發(fā)現(xiàn)，被標(biāo)記的C 原子上會出現(xiàn)不同數(shù)量的環(huán)鍵（雙鍵算1 根環(huán)鍵），如果需22要被標(biāo)記的C 原子上一定要有3 根環(huán)鍵，可以使用 rb+/rb-將 C 原子標(biāo)記為rb3 即可。使用方法，選擇rb+/rb-后，點擊C 原子即可。如用以下結(jié)構(gòu)進(jìn)行As Substructure檢索， C 上一定有 3 根環(huán)鍵。檢索到的結(jié)構(gòu)如下：rb* 的使用As Substructure檢索時，被 rb* 標(biāo)記的原子不能再發(fā)生稠環(huán)取代，但允許鏈取代，而結(jié)構(gòu)中的其他未標(biāo)記的原子，可以發(fā)生稠環(huán)取代，也可以發(fā)生鏈取代。如用 As Substructure檢索以下結(jié)構(gòu)：23可以出現(xiàn)以下的結(jié)果，注意被標(biāo)記的原子：被標(biāo)記的原子上取代情況：? 存在鏈取代? 存在稠環(huán)取代? 沒有取代，而結(jié)構(gòu)中其他位點存在鏈取代，或者稠環(huán)取代。如果只是希望被標(biāo)記的原子不允許出現(xiàn)稠環(huán)取代，但是其他原子允許發(fā)生稠環(huán)取代，可以使用 rb* 標(biāo)記該原子。使用方法，選擇rb* ，點擊該原子即可，如下：檢索到的結(jié)果如下：24u 的使用As Substructure檢索時，被 u 標(biāo)記的原子上一定會存在一個不飽和鍵，或者該原子會出現(xiàn)在芳環(huán)中。使用方法，用u 標(biāo)記該原子即可。如As Substructure檢索以下結(jié)構(gòu)：檢索出來的結(jié)構(gòu)如下，注意被u 標(biāo)記的原子上鏈接的基團(tuán)：F：鼠標(biāo)右鍵的使用鼠標(biāo)處于選擇鍵上時，可以使用鼠標(biāo)右鍵，點擊原子和鍵，用于定義被選中的原子和鍵的一些其他屬性，如：同位素屬性，鍵的拓?fù)湫?，反?yīng)鍵變化，異構(gòu)中心。25原子鼠標(biāo)右鍵功能右鍵點擊原子，可以打開原子右鍵功能菜單，如下：常用功能：?+R Group attachment， -R Group attachment等同于結(jié)構(gòu)面板中的RGroup attachment，可以查看之前相關(guān)內(nèi)容。?Atom Properties，原子屬性列表26同位素定義如果需要定義同位素，方法如下：1. 選擇該原子，右鍵打開 Atom Properties2. 點擊 Isotope 后面的“鎖”3.輸入同位素的質(zhì)量數(shù)，如需定義C13 ，輸入 13 即可。4. 氘代，氚代，可以用 D ，T 表示，用鍵盤輸入即可。標(biāo)記完的結(jié)構(gòu)如下：27鍵鼠標(biāo)右鍵功能右鍵點擊鍵，可以打開鍵的右鍵功能菜單，如下：常用功能：? Topology ，鍵的拓?fù)鋵傩远x? Reacting center ，反應(yīng)中心定義? Stereo search ，異構(gòu)中心定義鍵的拓?fù)鋵傩远xTopology，鍵的拓?fù)鋵傩远x，可以定義一根鍵是在環(huán)中，還是在鏈里面， 常見的應(yīng)用場景是需要某根鍵一定要在環(huán)，或者鏈中，可以定義鍵in ring或是 in chain 。反應(yīng)中心定義Reacting center，反應(yīng)中心定義， 可以反應(yīng)中鍵變化的情況，常見的應(yīng)用是定義反28應(yīng)中生成或者斷裂的鍵?？梢远x反應(yīng)中的某一根鍵的屬性是make or break，被標(biāo)記的鍵在反應(yīng)過程中一定會發(fā)生斷裂或者是一根生成鍵。異構(gòu)中心定義Stereo search，異構(gòu)中心定義，定義結(jié)構(gòu)中確定的異構(gòu)構(gòu)型，如順反異構(gòu)。如對于一根雙鍵上進(jìn)行屬性定義，可以定義該雙鍵的順反屬性，默認(rèn)是off ，不論順反，如繪制成on ，系統(tǒng)將按照繪制的順反情況進(jìn)行檢索，加上On 的結(jié)構(gòu)：29二、 Reaxys 中反應(yīng)查詢1：反應(yīng)檢索中常用定義工具原子鎖定工具在進(jìn)行 As Substructure檢索時，如果需要某原子上不能發(fā)生任何取代，可以使用原子鎖定工具，可以參考s* 和 s Lock 功能的使用。如下圖的定義：用 As Substructure對上述結(jié)構(gòu)進(jìn)行檢索， 產(chǎn)物中的亞甲基和羥基都被標(biāo)記上了s* ，表示在檢索時不能發(fā)生取代。環(huán)鎖定工具在進(jìn)行 As Substructure檢索時，如果需要結(jié)構(gòu)中允許發(fā)生取代，但是不能發(fā)生稠環(huán)，可以去除結(jié)構(gòu)面板中Additional Ring Closures，保證整個結(jié)構(gòu)面板中的環(huán)系不發(fā)生破壞。如下，As substructure檢索這條反應(yīng)， 將結(jié)構(gòu)面板中的Additional Ring Closures去除。30得到的結(jié)果中，苯環(huán)上允許發(fā)生取代，但是都不能發(fā)生稠環(huán)變化。碎片反應(yīng)定義工具反應(yīng)檢索時，如果需要一些特定的片段以任意形式相連接，可以采用 KeepFragments together定義。操作步驟如下：1.結(jié)構(gòu)面板中定義好片段2.點擊右下方 More Option3.選擇 Keep Fragments Together即可完成定義31More Options下的選項 ：這樣定義出來的反應(yīng)，反應(yīng)箭頭前后的兩個片段都會在一個結(jié)構(gòu)當(dāng)中。2：條件篩選時常用的篩選工具Reaxys 提供了多種反應(yīng)篩選工具，幫助對反應(yīng)進(jìn)行篩選。32篩選工具概覽獲得反應(yīng)后，左側(cè)可以看到反應(yīng)篩選的工具欄，如下：通過結(jié)構(gòu)進(jìn)行反應(yīng)過濾產(chǎn)率過濾工具催化劑 / 試劑過濾工具溶劑過濾工具催化劑類型過濾工具溶劑類型過濾工具產(chǎn)物可購買性過濾工具反應(yīng)物可購買性過濾工具反應(yīng)類型過濾工具文獻(xiàn)類型過濾工具出版年限過濾工具單步反應(yīng)催化劑分類工具Catalyst Classes可以按照活性中心， 非均相催化，生物催化來對催化劑進(jìn)行分類，幫助通過不同的路徑快速獲得最相關(guān)的催化劑。使用步驟如下：33：打開 CatalystClasses ，點擊 More ：呈現(xiàn)出Catalyst分類的樹狀圖：點擊不同分類前面的箭頭，可按照需求篩選反應(yīng)或者查看催化劑。34溶劑分類工具SolventClasses 可以按照溶劑的不同特性，來對溶劑進(jìn)行分類，幫助通過不同的路徑快速獲得最相關(guān)的溶劑劑。使用步驟如下：打開 Solvent Classes，點擊最下方的More ：2：呈現(xiàn)出 Solvent分類的樹狀圖，按照CatalystClasses 的方法進(jìn)行篩選35反應(yīng)類型分類工具ReactionClasses 可以不同的反應(yīng)類型對反應(yīng)進(jìn)行分類，操作步驟和上述催化劑，溶劑類型相似。3：其他反應(yīng)檢索關(guān)鍵詞聯(lián)合反應(yīng)檢索方法利用 Query Builder可以實現(xiàn)關(guān)鍵詞聯(lián)合反應(yīng)檢索。在Query Builder模式下，添加結(jié)構(gòu)和關(guān)鍵詞兩個字段，即可實現(xiàn)關(guān)鍵詞聯(lián)合反應(yīng)結(jié)構(gòu)檢索，如下：反應(yīng)中溫度，時間，壓力等條件定義利用 Reaxys Forms里面的 Reaction ，實現(xiàn)溫度，時間，壓力的定義，按照以下圖中的標(biāo)記按鈕，依次點擊Query Builder， Forms ， Reaxys Forms，Reaction即可打開 Reaxys 系統(tǒng)中的設(shè)定的反應(yīng)定義模式，通過該模塊可以添加反應(yīng)的溫度，時間，壓力等條件。36選擇好的頁面如下，在對應(yīng)字段添加時間，溫度，壓力即可。37三、合成計劃的制定可以利用Reaxys中的SynthesisPlan工具進(jìn)行合成計劃的制定，如下，制定Gefitinib的合成計劃。1： Reaxys 中檢索到Gefitinib，點擊 Synthesis Plan按鈕進(jìn)行合成計劃制定，2：點擊后出現(xiàn)選擇進(jìn)行手動或自動計劃制定，選擇手動，3：Reaxys 給出 Gefitinib的合成路線，選擇合適的反應(yīng)后， 添加到 Synthesis Plan中，384：在 Synthesis Plan中可以點擊虛線查看反應(yīng)條件。5：對于每一個結(jié)構(gòu)，都可以點擊Synthesis Plan按鈕，繼續(xù)添加反應(yīng)6：最后形成的Plan 如下，可以進(jìn)行保存，輸出。3940