科學(xué)知識(shí)圖譜講座(軟件操作).ppt

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科學(xué)知識(shí)圖譜方法與應(yīng)用繪制圖譜的主要軟件操作侯海燕博士大連理工大學(xué)人文社會(huì)科學(xué)學(xué)院科技倫理與科技管理研究中心網(wǎng)絡(luò)-科學(xué)-信息-經(jīng)濟(jì)計(jì)量實(shí)驗(yàn)室WISELAB2009年9月12日,講座提綱,科學(xué)知識(shí)圖譜的主要研究方法科學(xué)知識(shí)圖譜的主要數(shù)據(jù)來(lái)源科學(xué)知識(shí)圖譜的主要應(yīng)用軟件繪制圖譜的軟件操作演示,科學(xué)知識(shí)圖譜的主要研究方法Methods,共引分析Co-citationanalysisJournalco-citationanalysis(JCA)期刊共引分析Authorco-citationanalysis(ACA)作者共引分析Documentco-citationanalysis(DCA)文獻(xiàn)共引分析共詞分析Co-wordanalysis關(guān)鍵詞共詞分析Co-wordanalysisofkeywords主題詞共詞分析Co-wordanalysisoftitlewords多元統(tǒng)計(jì)分析方法因子分析（主成分分析）factoranalysisPCA多維尺度分析MDS-multidimensionalscaling聚類(lèi)分析Clusteranalysis詞頻分析方法Frequencyanalysisofwords社會(huì)網(wǎng)絡(luò)分析方法Socialnetworkanalysis,科學(xué)知識(shí)圖譜的主要數(shù)據(jù)來(lái)源Data,主要數(shù)據(jù)來(lái)源：WebofScience科學(xué)文獻(xiàn)數(shù)據(jù)：《科學(xué)引文索引》數(shù)據(jù)庫(kù)(SCI)《社會(huì)科學(xué)引文索引》數(shù)據(jù)庫(kù)(SSCI)專(zhuān)利文獻(xiàn)數(shù)據(jù)：德溫特創(chuàng)新索引DerwentInnovationsIndex國(guó)際會(huì)議文獻(xiàn)數(shù)據(jù)：ConferenceProceedingsCitationIndex-Science(CPCI-S)分析的基本數(shù)據(jù)單元：作者author標(biāo)題title關(guān)鍵詞keywords摘要Abstract引文citedreferences(被引作者、被引期刊、被引文獻(xiàn)）作者地址（機(jī)構(gòu)合作、國(guó)家合作）,應(yīng)用的主要軟件Software——共引分析、共詞分析軟件,Bibexcelhttp://www.umu.se/inforsk/Bibexcel/---afree-wareon-linedevelopedbyOllePerssonbibliometricscitationanalysisco-citationanalysisbibliographiccouplingclusteranalysis,SPSS多元統(tǒng)計(jì)分析及可視化軟件Correlationanalysis,PCA(factoranalysis),MDS,clusteranalysisWordsmithTools詞頻分析軟件Frequencyanalysisofwords,應(yīng)用的主要軟件Software,科學(xué)計(jì)量學(xué)主要的分支學(xué)科及其代表人物圖3-1科學(xué)計(jì)量學(xué)學(xué)科結(jié)構(gòu)知識(shí)圖譜，1978-2004,科學(xué)計(jì)量學(xué)在親本學(xué)科——科學(xué)學(xué)中的位置,科學(xué)計(jì)量學(xué)與相鄰學(xué)科關(guān)系圖3-4科學(xué)計(jì)量學(xué)與相鄰學(xué)科關(guān)系知識(shí)圖譜,科學(xué)計(jì)量學(xué)主流研究領(lǐng)域知識(shí)圖譜，1978-2004,科學(xué)計(jì)量學(xué)研究領(lǐng)域的演變圖4-81978-1986年科學(xué)計(jì)量學(xué)主流研究領(lǐng)域知識(shí)圖譜,科學(xué)計(jì)量學(xué)研究領(lǐng)域的演變圖4-101987-1995年科學(xué)計(jì)量學(xué)主流研究領(lǐng)域知識(shí)圖譜,科學(xué)計(jì)量學(xué)研究領(lǐng)域的演變圖4-121996-2004年科學(xué)計(jì)量學(xué)前沿研究領(lǐng)域知識(shí)圖譜,PajekSocialnetworkanalysisUCINETSocialnetworkanalysis,應(yīng)用的主要軟件Software——社會(huì)網(wǎng)絡(luò)分析軟件、可視化軟件,UCINET,最流行的社會(huì)網(wǎng)分析軟件，其中包括一維與二維數(shù)據(jù)分析的NetDraw，同時(shí)集成了Pajek用于大型網(wǎng)絡(luò)分析的免費(fèi)應(yīng)用軟件程序。不同的社會(huì)網(wǎng)軟件的文件都具有自己的格式，但是也可以自由轉(zhuǎn)換。譬如，利用UCINET軟件可以讀取文本文件、KrackPlot、Pajek、Negopy、VNA等格式的文件。,Pajek,Pajek(ProgramAnalysisforLargeNetwork),由盧布爾雅那大學(xué)的VladimirBatagelj和AndrejMrvar于1997年1月15日正式發(fā)布0.1版，是一項(xiàng)基于Windows的免費(fèi)社會(huì)科學(xué)軟件，主要用于社會(huì)網(wǎng)絡(luò)分析，特點(diǎn)是可視化。該軟件可以提供非商業(yè)應(yīng)用的免費(fèi)下載，下載網(wǎng)址:http://vlado.fmf.uni-lj.si/pub/networks/pajek/CreatPajek可以把excel格式的文件轉(zhuǎn)換為Pajek格式的軟件。,科學(xué)計(jì)量學(xué)合作網(wǎng)絡(luò)知識(shí)圖譜，1978-2004,科學(xué)計(jì)量學(xué)合作網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)的演變圖5-4科學(xué)計(jì)量學(xué)合作網(wǎng)絡(luò)的微觀結(jié)構(gòu)圖譜，1978-1986,科學(xué)計(jì)量學(xué)合作網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)的演變圖5-5科學(xué)計(jì)量學(xué)合作網(wǎng)絡(luò)的微觀結(jié)構(gòu)圖譜，1987-1995,科學(xué)計(jì)量學(xué)合作網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)的演變圖5-6科學(xué)計(jì)量學(xué)合作網(wǎng)絡(luò)的微觀結(jié)構(gòu)圖譜，1996-2004,應(yīng)用的主要軟件Software——多視角共引分析可視化軟件,citespace---afree-wareon-linedevelopedbyChaomeiChen1、通過(guò)引文網(wǎng)絡(luò)分析，找出學(xué)科領(lǐng)域演化的關(guān)鍵路徑2、找出學(xué)科領(lǐng)域演化的關(guān)鍵點(diǎn)文獻(xiàn)（知識(shí)拐點(diǎn)）3、分析學(xué)科前沿?zé)狳c(diǎn)4、探測(cè)學(xué)科知識(shí)基礎(chǔ),文獻(xiàn)共引圖譜,,國(guó)際納米研究領(lǐng)域的主要期刊分布圖譜,,,物理期刊,化學(xué)期刊、納米期刊、及其他,,,期刊共引圖譜,物理期刊,化學(xué)期刊、納米期刊、及其他,期刊共引圖譜,期刊共引圖譜,作者共引圖譜,,,作者合作網(wǎng)絡(luò)圖譜,,2納米粒子,,,,,,1納米薄膜、納米晶體、納米線、納米結(jié)構(gòu)、碳納米管,4納米管吸附、納米硅,6納米棒陣列、氧化鋅納米線,,,3光譜分析、納米金、納米簇,5納米復(fù)合材料、納米輸運(yùn)、納米器件、納米技術(shù)、納米場(chǎng)效應(yīng)晶體管,7碳納米管場(chǎng)發(fā)射機(jī)理,8納米傳感器、蛋白質(zhì)納米技術(shù),,,圖9國(guó)際納米研究熱點(diǎn)知識(shí)圖譜,共詞圖譜,,2納米粒子,,,,,1納米薄膜、納米晶體、納米線、納米結(jié)構(gòu)、碳納米管,4納米管吸附、納米硅,6納米棒陣列、氧化鋅納米線,,,3光譜分析、納米金、納米簇,5納米復(fù)合材料、納米輸運(yùn)、納米器件、納米技術(shù)、納米場(chǎng)效應(yīng)晶體管,7碳納米管場(chǎng)發(fā)射機(jī)理,,,圖9國(guó)際納米研究熱點(diǎn)知識(shí)圖譜,,8納米傳感器、蛋白質(zhì)納米技術(shù),共詞圖譜,,CiteSpace軟件介紹,學(xué)科領(lǐng)域圖譜,TheCiteSpaceHomepagehttp://cluster.cis.drexel.edu/~cchen/citespace,CiteSpace始開(kāi)發(fā)于2004年9月13日，于2007年3月20日最近更新(CiteSpace2.0.11b)由美國(guó)德雷克塞爾大學(xué)（費(fèi)城）信息科學(xué)與技術(shù)學(xué)院（TheCollegeofInformationScienceandTechnology,DrexelUniversity）ChaomeiChen教授研究開(kāi)發(fā)。,ChaomeiChen教授研究的InformationVisualization–CiteSpace是近幾年來(lái)在全美信息分析中最具有特色和影響力的可視化信息軟件。從2000年至今，在這一研究領(lǐng)域中ChaomeiChen教授發(fā)表了研究論文65篇，出版了6部研究專(zhuān)著。現(xiàn)擔(dān)任美國(guó)《InformationVisualization》期刊的總編。,CiteSpace是Java的應(yīng)用程序，可免費(fèi)獲得使用。http://cluster.cis.drexel.edu/~cchen/citespace/download.html它要求JRE1.4.2或是更高的版本作為運(yùn)行環(huán)境。盡管CiteSpace能夠通過(guò)PubMed或者大量的網(wǎng)絡(luò)服務(wù)獲取額外的信息，但是互聯(lián)網(wǎng)對(duì)CiteSpace而言并不是必須的。,citespace輸入的數(shù)據(jù)文件應(yīng)該是ISI輸出的格式，即從webofscience下載的格式。citespace帶有一個(gè)數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換器，可以將從網(wǎng)絡(luò)上保存的數(shù)據(jù)進(jìn)行轉(zhuǎn)換。,軟件運(yùn)行之前的基本步驟：1.為citespace準(zhǔn)備數(shù)據(jù)。將數(shù)據(jù)文件放在一個(gè)文件夾。每個(gè)數(shù)據(jù)文件名必須以“download”開(kāi)頭，并以“.txt”結(jié)尾，例如“download-mass-extinction-2006.txt”2.開(kāi)始用citespace創(chuàng)建一個(gè)新的項(xiàng)目之前，你需要具體制定兩個(gè)路徑，一個(gè)是數(shù)據(jù)存儲(chǔ)路徑，一個(gè)是項(xiàng)目存儲(chǔ)路徑，在項(xiàng)目存儲(chǔ)路徑可以找到你保存的圖譜和輸出文件。3.根據(jù)相應(yīng)的時(shí)間分段調(diào)整timeslicing。4.按“GO”按鈕，你就會(huì)看到軟件處于運(yùn)行狀態(tài)，當(dāng)運(yùn)行過(guò)程結(jié)束的時(shí)候你會(huì)發(fā)現(xiàn)彈出一個(gè)新的窗口。,CiteSpace相關(guān)名詞術(shù)語(yǔ),Thresholds–selectioncriteriausedbyCiteSpace–itemsmusthavemeasuresabovethresholdvaluestobeincludedinmodelingandvisualizationprocesses.Timeslicing–adivide-and-conquerstrategythatdividesaperiodoftimeintoaseriesofsmallerwindows.Betweennesscentrality–ametricofanodeinanetworkthatmeasureshowlikelyanarbitraryshortestpathinthenetworkwillgothroughthenode.Burstterms–singleormulti-wordphrasesextractedfromthetitle,abstract,orotherfieldsofabibliographicrecordandthefrequencyofthetermbursts,i.e.sharplyincreases,overaperiodoftime.Citation–aninstancethatapublicationreferencestoanotherpublication.,Co-authors–authorswhoappearintheauthorfieldofthesamebibliographicrecord.Co-citation–aninstanceinwhichtwoitems,suchasauthors,documents,orjournals,thatarecitedbyapublication.Time-zoneview–arestrictedviewinwhichthemovementofnodesislimitedtoverticaltimezonescorrespondingtothetimeoftheirpublication.Turningpoints–nodesofhighbetweennesscentralities(>1.00).Suchnodestendtobecriticalinnetworktransitionsfromonetimeslicetoanother.Clusterview–anetworkisvisualizedinamodifiedspring-embeddernodeplacementalgorithm.Pathfindernetworkscaling–anetworkscalingalgorithmthatremoveslinksthatviolatetriangleinequalityconditionssoastosimplifyanetworkbyretainingsalientlinksandpathsonly.,CiteSpace的簡(jiǎn)要操作步驟,1.Access/ObtainCiteSpaceandhowtorun獲取和運(yùn)行TheCiteSpaceHomepagehttp://cluster.cis.drexel.edu/~cchen/citespace兩種方法運(yùn)行citespacea.UseJavaWebStartdirectly通過(guò)網(wǎng)絡(luò)直接啟動(dòng)b.下載citespace.jar文件（網(wǎng)頁(yè)download）方法a：能保證始終用到最新版本，且運(yùn)行速度快,2.PrepareBibliographicDataFiles準(zhǔn)備文獻(xiàn)數(shù)據(jù)從webofscience檢索和保存數(shù)據(jù)方法：a.MakeageneralsearchinWebofScienceb.Markallsearchresultsc.Savetherecords,includingCitedReferences,infieldtaggedformat.d.Nameyourfilesasdownload*.txtE.g.downloadScience1999a.txt,download2004.txte.Savealldatafilesinafolderonyourcomputer.,3.WhatinformationinbibliographicdataisusedbyCiteSpace?CiteSpace使用下載數(shù)據(jù)的那些信息？A:Authors作者B:Title,Descriptors,Identifiers,Abstract題目、主題詞、關(guān)鍵詞、摘要C:CitedReferences引用的參考文獻(xiàn)D:TimesCited引用次數(shù)E:YearofPublication發(fā)表年份,,,,,,,,,BLAZERDG,1994,AMJPSYCHIAT,V151,P979EATONL,2001,NYTIMES1116,A1FOTHERGILLA,1999,DISASTERS,V23,P156FULLERTONCS,1999,AVIATSPACEENVIRMD,V70,P902GINEXIEM,2000,AMJCOMMUNPSYCHOL,V28,P495GOENJIANAK,2001,AMJPSYCHIAT,V158,P788GREENBL,1990,JAPPLSOCPSYCHOL,V20,P1033HANSONRF,1995,JCONSULTCLINPSYCH,V63,P987HARVEYAG,1999,JCONSULTCLINPSYCH,V67,P985KAWACHII,2001,JURBANHEALTH,V78,P458KESSLERRC,1995,ARCHGENPSYCHIAT,V52,P1048KILPATRICKDG,1987,CRIMEDELINQUENCY,V33,P479MADAKASIRAS,1987,JNERVMENTDIS,V175,P286MAZURECM,2000,AMJPSYCHIAT,V157,P896NORTHCS,1999,JAMA-JAMMEDASSOC,V282,P755ORTEGAAN,2000,AMJPSYCHIAT,V157,P615POLEN,2001,JNERVMENTDIS,V189,P442RESNICKH,1999,JANXIETYDISORD,V13,P359RESNICKHS,1993,JCONSULTCLINPSYCH,V61,P984ROTHBAUMBO,1992,JTRAUMASTRESS,V5,P455RUBONISAV,1991,PSYCHOLBULL,V109,P384RUEFAM,2000,CULTURALDIVERSITYE,V6,P235SHAHB,1997,SUDAANUSERSMANUALSHALEVAY,1998,AMJPSYCHIAT,V155,P630SHALEVAY,2000,JCLINPSYCHIATS5,V61,P33SHERBOURNECD,1991,SOCSCIMED,V32,P705SHOREJH,1989,JNERVMENTDIS,V177,P681TUCKERP,2000,JBEHAVHEALTHSERR,V27,P406NR32TC179PUMASSACHUSETTSMEDICALSOC/NEJMPIWALTHAMPAWALTHAMWOODSCENTER,860WINTERST,,WALTHAM,MA02451-1413USASN0028-4793J9NENGLJMEDJIN.Engl.J.Med.PDMAR28PY2002VL346IS13BP982EP987PG6SCMedicine,GeneralNATIONALCOMORBIDITYSURVEY;MAJORDEPRESSION;NATURALDISASTER;SOCIALSUPPORT;OKLAHOMA-CITY;PREVALENCE;PSYCHOPATHOLOGY;SURVIVORS;SYMPTOMSABBackground:ThescopeoftheterroristattacksofSeptember,A,B,C,D,E,,,,11,2001,wasunprecedentedintheUnitedStates.Weassessedtheprevalenceandcorrelatesofacutepost-traumaticstressdisorder(PTSD)anddepressionamongresidentsofManhattanfivetoeightweeksaftertheattacks.Methods:Weusedrandom-digitdialingtocontactarepresentativesampleofadultslivingsouthof110thStreetinManhattan.Participantswereaskedaboutdemographiccharacteristics,exposuretotheeventsofSeptember11,andpsychologicalsymptomsaftertheattacks.Results:Among1008adultsinterviewed,7.5percentreportedsymptomsconsistentwithadiagnosisofcurrentPTSDrelatedtotheattacks,and9.7percentreportedsymptomsconsistentwithcurrentdepression(with``current``definedasoccurringwithintheprevious30days).AmongrespondentswholivedsouthofCanalStreet(i.e.,neartheWorldTradeCenter),theprevalenceofPTSDwas20.0percent.…………,AUGalea,SAhern,JResnick,HKilpatrick,DBucuvalas,MGold,JVlahov,DTIPsychologicalsequelaeoftheSeptember11terroristattacksinNewYorkCity.SONEWENGLANDJOURNALOFMEDICINELAEnglishDTArticleIDPOSTTRAUMATIC-STRESS-DISORDER;NATIONALCOMORBIDITYSURVEY;MAJORDEPRESSION;NATURALDISASTER;SOCIALSUPPORT;OKLAHOMA-CITY;PREVALENCE;PSYCHOPATHOLOGY;SURVIVORS;SYMPTOMSABBackground:ThescopeoftheterroristattacksofSeptember,,,,,co-authorship,co-occurringburstterms,,,,,,A,B,B,B,,CR2001,NYTIMES1226,B2*AMPSYCHASS,1994,DIAGNSTATMANMENT*DEPHLTHHUMANSE,1999,MENTHLTHREPSURGG*USBURCENS,2000,STF3ADEPCOMMBURCBLAZERDG,1994,AMJPSYCHIAT,V151,P979EATONL,2001,NYTIMES1116,A1FOTHERGILLA,1999,DISASTERS,V23,P156FULLERTONCS,1999,AVIATSPACEENVIRMD,V70,P902GINEXIEM,2000,AMJCOMMUNPSYCHOL,V28,P495GOENJIANAK,2001,AMJPSYCHIAT,V158,P788GREENBL,1990,JAPPLSOCPSYCHOL,V20,P1033HANSONRF,1995,JCONSULTCLINPSYCH,V63,P987HARVEYAG,1999,JCONSULTCLINPSYCH,V67,P985KAWACHII,2001,JURBANHEALTH,V78,P458KESSLERRC,1995,ARCHGENPSYCHIAT,V52,P1048KILPATRICKDG,1987,CRIMEDELINQUENCY,V33,P479MADAKASIRAS,1987,JNERVMENTDIS,V175,P286MAZURECM,2000,AMJPSYCHIAT,V157,P896NORTHCS,1999,JAMA-JAMMEDASSOC,V282,P755ORTEGAAN,2000,AMJPSYCHIAT,V157,P615POLEN,2001,JNERVMENTDIS,V189,P442RESNICKH,1999,JANXIETYDISORD,V13,P359RESNICKHS,1993,JCONSULTCLINPSYCH,V61,P984ROTHBAUMBO,1992,JTRAUMASTRESS,V5,P455RUBONISAV,1991,PSYCHOLBULL,V109,P384RUEFAM,2000,CULTURALDIVERSITYE,V6,P235SHAHB,1997,SUDAANUSERSMANUALSHALEVAY,1998,AMJPSYCHIAT,V155,P630SHALEVAY,2000,JCLINPSYCHIATS5,V61,P33SHERBOURNECD,1991,SOCSCIMED,V32,P705SHOREJH,1989,JNERVMENTDIS,V177,P681TUCKERP,2000,JBEHAVHEALTHSERR,V27,P406,,,,,documentco-citation,,,,,authorco-citation,,,,,journalco-citation,ACA/DCA/JCA,C,,,NR32TC179PUMASSACHUSETTSMEDICALSOC/NEJMPIWALTHAMPAWALTHAMWOODSCENTER,860WINTERST,,WALTHAM,MA02451-1413USASN0028-4793J9NENGLJMEDJIN.Engl.J.Med.PDMAR28PY2002VL346IS13BP982EP987PG6SCMedicine,General&InternalGA534UYUTISI:000174608600006ER,D,E,4.GetstartedwithCiteSpace（開(kāi)始使用citespace）數(shù)據(jù)導(dǎo)入(datedirectory)：直接選定數(shù)據(jù)存放的文件夾，注意不要進(jìn)入文件夾。,5.ChooseNetworkAnalysis（選擇分析方法）：CitedAuthor:AuthorCo-CitationAnalysis(ACA)CitedReference:DocumentCo-CitationAnalysis(DCA)CitedJournals:JournalCo-CitationAnalysis(JCA)Authors:Co-AuthorsTerms:Co-Terms,ACA,DCA,Co-Authorship,JCA,Co-Term(Burst),CiteSpace軟件特色及原理,1、原始數(shù)據(jù)不需要轉(zhuǎn)化為矩陣的格式，可以將WOS及PubMed等數(shù)據(jù)庫(kù)的原始數(shù)據(jù)格式直接導(dǎo)入CiteSpace進(jìn)行運(yùn)算及作圖。2、對(duì)于同一數(shù)據(jù)樣本，可以進(jìn)行多種圖譜的繪制，從不同角度展現(xiàn)數(shù)據(jù)演化特征。3、軟件通過(guò)為節(jié)點(diǎn)和連線標(biāo)記不同顏色，清晰地展現(xiàn)出文獻(xiàn)數(shù)據(jù)隨時(shí)間變化的脈絡(luò)。4、節(jié)點(diǎn)的彩色年輪表示法清晰展現(xiàn)了不同時(shí)間段的引證情況。5、連線的顏色代表了該連接共引次數(shù)最早達(dá)到所選擇閾值的時(shí)間。,特色：,,圖譜繪制的具體操作演示,謝謝大家,