如何利用BankIt向NCBI在線提交序列

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1、如何利用BankIt向NCBI在線提交序列 日期：2013-03-07 來源：網(wǎng)絡(luò) 作者：青嵐 點擊：1352次 摘要： 向NCBI提交序列常用的方法有兩種，其一是在線提交的BankIt，其二是用軟件Sequin。在此結(jié)合網(wǎng)絡(luò)牛人實際操作經(jīng)驗來總結(jié)下如何通過BankIt在線提交DNA或RNA序列，供參考。 向ncbi提交序列常用的方法有兩種，其一是在線提交的BankIt，其二是用軟件Sequin。在此結(jié)合網(wǎng)絡(luò)牛人實際操作經(jīng)驗來總結(jié)下如何通過BankIt在線提交DNA或RNA序列，供參考。 1.整理序列信息：包括病原采集地、病原的寄主、寄主癥狀、采集人等基本信息;還有序列分析結(jié)果，

2、包括序列全長大小，開放閱讀框(ORF)的長度、位置及特定ORF序列翻譯的氨基酸序列等基因水平的信息，這對于接下來的快速準(zhǔn)確提交序列及提交成功后為全世界其他作者準(zhǔn)確全面分享此類信息很重要; 2.登陸B(tài)ackIt站點，注意到頁面右邊的“Sign in to use BankIt”標(biāo)簽，點擊登錄進(jìn)入。如果沒有賬號就注冊一個(注意，此賬號與NCBI賬號不通用)。 附 注冊賬號步驟，需要填寫的項目為： Title：你的職位或頭銜 First name：名 last name：姓 login：登陸名 Affiliation：所屬機(jī)構(gòu)地址，一般填寫自己學(xué)校地址 E-mail Addres

3、s：通信電郵，填完后會發(fā)隨機(jī)密碼到此電郵地址，使用隨機(jī)密碼進(jìn)行登陸，當(dāng)然登陸后可對密碼進(jìn)行重置; 3.登陸B(tài)ankIt，看到如下圖所示界面，此時NCBI會自動分配一個SubmissionID，但不是最終的提交序列ID： 接下來共有九個步驟(好事多磨)： 3.1 Contact InFORMAtion 填寫個人姓名、機(jī)構(gòu)、電郵等資料集聯(lián)系方式，如果錯誤該頁會有ERROR提示直到正確填寫，填寫完畢點擊CONTINUE; 3.2 Reference 填寫參考作者信息(Reference author)及序列相關(guān)信息，比如該序列是否對應(yīng)有文章，如單純提交序列則只需選擇Unpubli

4、shed即可(Reference title項可以填入“Direct Submission”)，有的話就填寫已發(fā)表文章的信息(卷、期等)，接下來會問你該序列的提交者是否是序列的發(fā)現(xiàn)者等信息，填寫完畢點擊CONTINUE; ※提示：新版的BankIt中，接下來會有“Sequencing Technology”一項，呈現(xiàn)有454、Illumina、SOLiD及Other等測序方法選擇，目前為“Sanger dideoxy sequencing”即一代測序方法測序，并且所提交的序列均為“assembled sequences”，目前的“assembly program”為“Lasergene，

5、version 7.0”。 3.3 Nucleotide 包括三個小項：Submission Release Date(期望NCBI什么時候公布你的序列)、16S rRNA submissions(該序列是否為16S rRNA)、Sequence(s) and Definition Line(s)(會提示問你該序列是否為全長genomic DNA、線狀或環(huán)狀等、序列長度，需要復(fù)制序列或提交FASTA格式文件)，如若序列長度與復(fù)制序列或FASTA文件長度不同則會有提示，需要重新提交序列，依次選擇即可。一般選擇“Immediately after Processing”，“非16S rRNA”

6、，“genomic DNA”，“circular”，“complete”等信息，然后將全序列粘貼到下方的空格中，別忘了在上方寫上總核苷酸數(shù)。完后審查看有沒有錯誤，繼續(xù)CONTINUE; 3.4 Organism 填寫Organism(病原物)的名字，即序列公開顯示時候的標(biāo)題(如MYVYNV分離物序列“Malvastrum yellow vein Yunnan?virus?isolate SC226-5, complete genome")，點擊CONTINUE后會出現(xiàn)自動檢索項目，核對后(有可能會進(jìn)行選擇)繼續(xù)CONTINUE; 3.5 Submission Category

7、提交范疇，是否直接提交或通過第三方Annotation提交(不是太清楚什么意思，可能指的是從EMBL和DDBJ中導(dǎo)入的數(shù)據(jù)吧)，一般為直接提交，如下圖示選擇Original，繼續(xù)CONTINUE; 3.6 Source modifier 選擇該病原物的種類，比如質(zhì)粒、線粒體等; Source modifier下拉菜單及后面的Value設(shè)置：進(jìn)一步選擇該病原物獲取信息，比如Country、Host、Clone、Collection date、Strain/Isolate等，至少三項(Organelle/Location為細(xì)胞器/位置，該項可以不填寫)，否則該項不通過，盡量信息全面真實，

8、需要繼續(xù)添加則點擊Add，填寫完畢查看下方已填寫表格進(jìn)行信息核對，然后CONTINUE; 3.7 Primers PCR引物項目，可選項目，不想填寫可CONTINUE; 3.8 Features(※) 該步驟重要!將用到之前準(zhǔn)備的內(nèi)容，比如序列內(nèi)ORFs等信息的填寫，并根據(jù)之前的選項來填寫該步驟，比如需要將DNA翻譯為氨基酸序列并進(jìn)行復(fù)制粘貼等，該步操作只需將之前準(zhǔn)備信息錄入即可，比較耗時; 點擊下方“ADD”鍵，頁面將切換為↓ 在這里我們需要錄入更多與該序列有關(guān)的信息，最主要的就是錄入之前已經(jīng)整理好的序列里面的開放閱讀框(ORF)信息：Genetic Code設(shè)置

9、為”Standard“，5'和3'都勾選上，Protein Name/Protein Description項都填寫，將特定區(qū)域(ORF)的核苷酸序列翻譯為氨基酸序列后(除去末端的終止子)復(fù)制到下方的”Amino Acid Sequence“框中，依次錄入即可。在這里越詳細(xì)越好，具體參照實際操作; 3.9 Review and Correct 對已填寫信息進(jìn)行復(fù)核及提交，并被告知在2個工作日之內(nèi)會收到NCBI電郵，需要進(jìn)一步對序列進(jìn)行審查核對; 4.至此，基本序列提交已經(jīng)完工，剩下的事情就是等待審核，大概兩個工作日后會收到來自NCBI工作人員的電郵，如有問題會通知你進(jìn)一步修改信息直到完全無誤，包括以后的接受序列號，即你的序列會出現(xiàn)在NCBI里面世界上唯一的一個界面里。