《生物信息學(xué)》PPT課件

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1、互 聯(lián) 網(wǎng) 生 物 信 息 資 源Bioinformatics Resources on the Internetxxx北 京 大 學(xué) 生 物 信 息 中 心http:/ Half day on the web,half month in the lab.saves you- Alan Bleasby 2021-5-300202200001011000AGAGGAAA 2000年 2月 2日 ， 北 京 大 學(xué) 燕 北 園 300多 位 教 師 的 家 用 計(jì) 算機(jī) 接 入 Internet； 2001年 2月 12日 ， 北 京 大 學(xué) 2000多 個(gè) 本科 生 宿 舍 的 計(jì) 算 機(jī) 接

2、入 Internet. Bi oMedXBi oi nformati cs 網(wǎng)絡(luò)時(shí)代的生命科學(xué)和生物技術(shù)產(chǎn)業(yè)討論會(huì)9-10 Apr 2001首屆中國(guó)生物信息學(xué)大會(huì)11-13 Apr 2001 ID PSPPF1 standard; RNA; PLN; 1523 BP.AC Y12618;SV Y12618.1DT 30-JUN-1997 (Rel. 52, Created)DT 02-FEB-1999 (Rel. 58, Last updated, Version 4)DE Pisum sativum mRNA for PPF-1 proteinKW ppf-1 gene; PPF-1 pro

3、tein.OS Pisum sativum (pea)OC Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;OC euphyllophytes; Spermatophyta; Magnoliophyta; eudicotyledons;OC core eudicots; Rosidae; eurosids I; Fabales; Fabaceae; Papilionoideae;OC Pisum.RN 1RA Zhu Y., Zhang Y., Luo J., Davies P.J., Ho D.T.H.;RT

4、 PPF-1, a post-floral-specific gene expressed in short-day-grown G2 pea,RT may be important for its never-senescing phenotype;RL Gene 208:1-6(1998).RN 3RP 1-1523RA Zhang Y.;RT ; RL Submitted (02-FEB-1999) to the EMBL/GenBank/DDBJ databases.RL Y. Zhang, Peking University, Box 28, College of Life Scie

5、nces, Beijing,RL 100871, PRCDR Demeter; Y12618; Y12618.DR MENDEL; 14275; Pissa;2332;14275.DR SPTREMBL; O04699; O04699.FH Key Location/QualifiersFHFT source 1.1523FT /db_xref=taxon:3888FT /organism=Pisum sativumFT /strain=G2FT /dev_stage=pre-floral seedlingsFT /tissue_type=apical budFT /clone_lib=lam

6、bda ZAPIIFT CDS 48.1376FT /db_xref=SPTREMBL:O04699FT /gene=ppf-1FT /product=PPF-1 proteinFT /protein_id=CAA73179.1FT /translation=MAKTLISSPSFLGTPLPSLHRTFSPNRTRLFTKVQFSFHQLPPIQ FT SVSHSVDLSGIFARAEGLLYTLADATVAADAAASTDVAAQKNGGWFGFISDGMEFVLKVFT LKDGLSSVHVPYSYGFAIILLTVIVKAATLPLTKQQVESTLAMQNLQPKIKAIQERYAG

7、FT NQERIQLETSRLYTQAGVNPLAGCLPTLATIPVWIGLYQALSNVANEGLLTEGFLWIPSFT LGGPTSIAARQSGSGISWLFPFVDGHPLLGWYDTAAYLVLPVLLIVSQYVSMEIMKPPQFT TNDPNQKNTLLIFKFLPLMIGYFSLSVPSGLTIYWFTNNVLSTAQQVWLRKLGGAKPAVFT NENAGGIITAGQAKRSASKPEKGGERFRQLKEEEKKKKLIKALPVEEVQPLASASASNDFT GSDVENNKEQEVTEESNTSKVSQEVQSFSRERRSKRSKRKPVASQ Seq

8、uence 1523 BP; 421 A; 325 C; 311 G; 466 T; 0 other; ctcaagcctt caagcctgaa gcgtctcgta cacaaacctt ctcatccatg gcgaagacac 60 tgatttcttc tccatcattc ctcggtactc cacttccttc acttcaccgt actttctccc 120 ctaatcgcac caggcttttc accaaagttc aattcagttt ccaccaactt cctccgattc 180 . . . . . . ggaccacata catttgtttg tagtt

9、tatag taagttttgt atatgtcaaa cagtttgtat 1440 catttttggg ttgacaattt tattgaacat gttatttaat catgcaaaat atcttttgtt 1500 tcatttaagt tccacatgtt agc 1523/ 編 號(hào) ： U00096 名 稱 ： Escherichia coli 菌 株 ： K-12 MG1655 基 因 數(shù) ： 4293個(gè) 堿 基 數(shù) ： 4639221 bp 生 物 信 息 的 開(kāi) 發(fā) 和 應(yīng) 用 以 核 酸 蛋 白 質(zhì) 等 生 物 大 分 子 為 主 要 研 究 對(duì) 象 以 信 息 、

10、數(shù) 理 、 計(jì) 算 機(jī) 科 學(xué) 為 主 要 研 究 手 段 以 計(jì) 算 機(jī) 網(wǎng) 絡(luò) 為 主 要 研 究 環(huán) 境 以 計(jì) 算 機(jī) 軟 件 為 主 要 研 究 工 具 對(duì) 序 列 數(shù) 據(jù) 進(jìn) 行 存 儲(chǔ) 、 管 理 、 注 釋 、 加 工 對(duì) 各 種 數(shù) 據(jù) 庫(kù) 進(jìn) 行 查 詢 、 搜 索 、 比 較 、 分 析 構(gòu) 建 各 種 類 型 的 專 用 數(shù) 據(jù) 庫(kù) 信 息 系 統(tǒng) 研 究 開(kāi) 發(fā) 面 向 生 物 學(xué) 家 的 新 一 代 計(jì) 算 機(jī) 軟 件 生 物 信 息 學(xué) 研 究 利 用 數(shù) 理 統(tǒng) 計(jì) 、 模 式 識(shí) 別 、 動(dòng) 態(tài) 規(guī) 劃 、 密 碼 解 讀 、 語(yǔ)意 解 析 、 信 令 傳 遞

11、 、 神 經(jīng) 網(wǎng) 絡(luò) 、 遺 傳 算 法 以 及 隱 馬 氏模 型 等 各 種 方 法 對(duì) 序 列 、 結(jié) 構(gòu) 數(shù) 據(jù) 進(jìn) 行 定 性 和 定 量 分 析 ， 從 中 獲 取 基因 編 碼 、 基 因 調(diào) 控 、 序 列 -結(jié) 構(gòu) -功 能 關(guān) 系 等 理 性 知 識(shí) 闡 明 細(xì) 胞 、 器 官 和 個(gè) 體 的 發(fā) 生 、 發(fā) 育 、 病 變 、 衰 亡 的基 本 規(guī) 律 和 時(shí) 空 聯(lián) 系 探 索 生 命 起 源 、 生 物 進(jìn) 化 、 生 命 本 質(zhì) 等 重 大 理 論 問(wèn) 題 ，最 終 建 立 “ 生 物 學(xué) 周 期 表 ” 生 物 信 息 學(xué) 研 究 方 向 基 因 組 序 列 裝 配

12、 基 因 識(shí) 別 基 因 功 能 預(yù) 報(bào) 基 因 多 態(tài) 性 分 析 基 因 進(jìn) 化 mRNA結(jié) 構(gòu) 預(yù) 測(cè) 基 因 芯 片 設(shè) 計(jì) 基 因 芯 片 數(shù) 據(jù) 分 析 疾 病 相 關(guān) 基 因 分 析 蛋 白 質(zhì) 序 列 分 析 蛋 白 質(zhì) 家 族 分 類 蛋 白 質(zhì) 結(jié) 構(gòu) 預(yù) 測(cè) 蛋 白 質(zhì) 折 疊 研 究 代 謝 途 徑 分 析 轉(zhuǎn) 錄 調(diào) 控 機(jī) 制 蛋 白 質(zhì) 芯 片 設(shè) 計(jì) 蛋 白 質(zhì) 芯 片 數(shù) 據(jù) 分 析 藥 物 設(shè) 計(jì) 引 自 Neil Campbell著 Biology第 4版 ,996生 物 進(jìn) 化 數(shù) 據(jù)信 息 知 識(shí)理 論實(shí) 驗(yàn)生 物 學(xué) 計(jì) 算生 物 學(xué) 理 論生 物

13、學(xué) 國(guó) 際 著 名 生 物 信 息 中 心Bioinformatics CentresNCBI National Center for Biotechnology Information (US) EBI European Bioinformatics Institute (EU) HGMP Human Genome Mapping Project Resource Centre (UK )ExPASy Expert of Protein Analysis System (Switzerland )CMBI Centre of Molecular and Biomolecule (The Ne

14、therlands)ANGIS National Genome Information Service (Australia) NIG National Institute of Genetics (Japan)BIC National Bioinformatics Centre (Singapore) 歐 洲 分 子 生 物 學(xué) 網(wǎng) 絡(luò) 組 織 (EMBnet)European Molecular Biology NetworkEMBnet為 國(guó) 際 著 名 生 物 信 息 學(xué) 組 織 ， 為 世 界 各 國(guó) 提 供 生 物信 息 資 源 ， 并 合 作 進(jìn) 行 生 物 信 息 的 研 究

15、、 開(kāi) 發(fā) 、 應(yīng) 用 和 人才 培 訓(xùn) 。 EMBnet國(guó) 家 節(jié) 點(diǎn)歐 洲 : 奧 地 利 、 比 利 時(shí) 、 丹 麥 、 法 國(guó) 、 芬 蘭 、 德 國(guó) 、希 臘 匈 牙 利 、 愛(ài) 爾 蘭 、 以 色 列 、 意 大 利 、 挪 威 、 波 蘭 、 葡 萄 牙 、 斯 洛 伐 克 、 西 班 牙 、 瑞 典 、 瑞 士 、荷 蘭 、 土 耳 其 、 英 國(guó)亞 洲 : 中 國(guó) 、 印 度 澳 洲 : 澳 大 利 亞北 美 洲 : 加 拿 大 非 洲 ： 南 非南 美 洲 : 阿 根 廷 、 古 巴 、 智 利 、 墨 西 哥 UK 亞 太 生 物 信 息 學(xué) 網(wǎng) 絡(luò) 組 織 中 國(guó) 節(jié)

16、點(diǎn) 生 物 技 術(shù) 和 信 息 技 術(shù) 是 21世紀(jì) 的 兩 大 經(jīng) 濟(jì) 發(fā) 展 支 柱 ， 生物 信 息 學(xué) 是 生 命 科 學(xué) 和 信 息科 學(xué) 的 結(jié) 合 點(diǎn) ， 是 當(dāng) 今 自 然科 學(xué) 新 的 前 沿 領(lǐng) 域 。 生 物 信息 資 源 建 設(shè) 是 生 物 信 息 研 究開(kāi) 發(fā) 的 基 礎(chǔ) 。1996年 ， 北 京 大 學(xué) 加 入 歐 洲 分 子 生 物學(xué) 網(wǎng) 絡(luò) 組 織 ， 成 為 該 組 織 的 中 國(guó) 國(guó) 家節(jié) 點(diǎn) ， 并 成 立 生 物 信 息 中 心 ， 為 生 物 、醫(yī) 學(xué) 、 制 藥 、 農(nóng) 業(yè) 、 環(huán) 境 等 領(lǐng) 域 的 研究 開(kāi) 發(fā) 提 供 生 物 信 息 資 源 服

17、 務(wù) ， 并 開(kāi) 展 二 次 數(shù) 據(jù) 庫(kù) 構(gòu) 建 、 軟 件 集 成 、 基 因組 分 析 等 研 究 。 歐 洲 分 子 生 物 學(xué) 網(wǎng) 絡(luò) 組 織中 國(guó) 國(guó) 家 節(jié) 點(diǎn)National NodeEuropean Molecular Biology Network北 京 大 學(xué) 生 物 信 息 中 心Centre of Bioinformatics Peking University 數(shù) 據(jù) 庫(kù) 查 詢數(shù) 據(jù) 庫(kù) 搜 索文 件 下 載網(wǎng) 絡(luò) 教 程網(wǎng) 絡(luò) 新 聞序 列 分 析序 列 裝 配分 子 模 型結(jié) 構(gòu) 分 析藥 物 設(shè) 計(jì) 2000年 CBI主 服 務(wù) 器 頁(yè) 面 訪 問(wèn) 量 v安

18、裝 了 70多 個(gè) 數(shù) 據(jù) 庫(kù) ， 提 供 200多 種 軟 件 下 載v建 立 了 14個(gè) 國(guó) 外 著 名 生 物 信 息 中 心 鏡 象v提 供 了 數(shù) 據(jù) 庫(kù) 和 文 獻(xiàn) 查 詢 、 搜 索v構(gòu) 建 了 中 華 民 族 基 因 多 樣 性 等 專 用 數(shù) 據(jù) 庫(kù)v集 成 和 開(kāi) 發(fā) 了 基 于 Web的 生 物 信 息 軟 件 工 具v開(kāi) 展 了 分 子 模 擬 、 序 列 分 析 等 應(yīng) 用 研 究v舉 辦 了 國(guó) 際 國(guó) 內(nèi) 培 訓(xùn) 班 、 講 習(xí) 班 、 討 論 會(huì)v開(kāi) 設(shè) 了 生 物 信 息 學(xué) 概 論 研 究 生 課 程 中 華 民 族 基 因 多 樣 性 數(shù) 據(jù) 庫(kù)轉(zhuǎn) 錄 因

19、 子 細(xì) 胞 特 異 性 數(shù) 據(jù) 庫(kù) Cytomer蛋 白 質(zhì) 結(jié) 構(gòu) 域 數(shù) 據(jù) 庫(kù) Domain蛋 白 質(zhì) 回 環(huán) 數(shù) 據(jù) 庫(kù) Loop水 稻 矮 縮 病 毒 數(shù) 據(jù) 庫(kù) RDV二 硫 鍵 信 息 數(shù) 據(jù) 庫(kù) Bridge構(gòu) 建 二 次 數(shù) 據(jù) 庫(kù) 中 華 民 族 基 因 多 態(tài) 性 數(shù) 據(jù) 庫(kù) 水 稻 矮 縮 病 毒 基 因 組 數(shù) 據(jù) 庫(kù) 轉(zhuǎn) 錄 因 子 細(xì) 胞 特 異 表 達(dá) 數(shù) 據(jù) 庫(kù) 蛋 白 質(zhì) 回 環(huán) 數(shù) 據(jù) 庫(kù) 蛋 白 質(zhì) 二 硫 鍵 數(shù) 據(jù) 庫(kù) 廖 黔 寧 ， 羅 靜 初 ， 周 培 愛(ài) ， 顧 孝 誠(chéng) ， 梁 宋 平 ， 虎 紋 捕 鳥 蛛 毒 素 -I突 變 體 的 設(shè)

20、 計(jì) 、合 成 和 活 性 鑒 定 ， 中 國(guó) 生 物 化 學(xué) 和 分 子 生 物 學(xué) 學(xué) 報(bào) ,5(5):756-761, 1999年 。SY Lu, PC Deng, XC Liu, JC Luo, RS Han, XC Gu， SP Liang, XC Wang, F Li, V Lozanov, A Patthy and S Pongor, Solution structure of the Major a-amylase inhibitor of the crop plant amaranth， J. Biol. Chem. 274 (29):20473-20478, 1999. 擬

21、 南 芥 突 變 體 庫(kù) 數(shù) 據(jù) 庫(kù) 北 大 耶 魯 合 作 項(xiàng) 目 Computer Aided Vaccine Design SystemDatabase ArticlesLab WorkAlgorithm(ANN),Analysis Program,Adjust ProgramData Flow Right/Wrong?Right/Wrong?AnswerAnswer 生 物 信 息 學(xué) 應(yīng) 用 研 究 分 子 模 型 Liu Y, Luo J, Xu C, Ren F, Peng C, Wu G, Zhao J, Purification, characterization, and

22、molecular cloning of the gene of a seed-specific antimicrobial protein from pokeweed. Plant Physiol 122(4):1015-24, 2000. 生 物 信 息 學(xué) 應(yīng) 用 研 究 序 列 分 析 Zhu Y, Zhang, Y, Luo J, Davies PJ, Ho DT, PPF-1, A Post-floral-specific Gene Expressed in Short-day Grown G2 Pea, May Be Important for its never-senesci

23、ng phenotype. Gene, 16(1), 1-6, 1998. 生 物 信 息 學(xué) 應(yīng) 用 研 究 分 子 模 擬圖 1 從 N端 看 Helix4螺 旋 結(jié) 構(gòu) (右 )和 第 4螺旋 條 帶 圖 (下 )， 其 中 E129、 A140、 A144、D136、 R131的 側(cè) 鏈 用 球 棍 圖 表 示 。 粗 線 所示 殘 基 L126、 R127、 F134、 A149突 變 后 活性 沒(méi) 有 改 變 。 軟 件 開(kāi) 發(fā) 和 集 成 Friends all over the world 名 稱 中 文 名 負(fù) 責(zé) 人 備 注 NCBI 美 國(guó) 國(guó) 家 生 物 信 息 中 心

24、 David Lipman 中 心 主 任 EBI 歐 洲 生 物 信 息 學(xué) 研 究 所 Rab Harper EBI信 息 服 務(wù) 部 ExPASy 瑞 士 蛋 白 質(zhì) 分 析 專 家 系 統(tǒng) Amos Bairoch NSFC中 瑞 合 作 項(xiàng) 目 ICGEB 國(guó) 際 遺 傳 工 程 和 生 物 技 術(shù)研 究 所 Sandor Pongor 科 技 部 與 ICGEB合 作 項(xiàng) 目 GBF 德 國(guó) 生 物 工 程 研 究 所 Edgar Wingendar 中 德 政 府 合 作 項(xiàng) 目 HGMP 英 國(guó) 基 因 組 資 源 中 心 Alan Bleasby EMBNet現(xiàn) 任 秘 書

25、長(zhǎng) SangerCentre 英 國(guó) 基 因 組 研 究 中 心 Peter Rice EMBOSS軟 件 開(kāi) 發(fā)負(fù) 責(zé) 人 CMBI 荷 蘭 生 物 信 息 中 心 Jack Leunissen EMBNet現(xiàn) 任 主 席 SIB 瑞 士 生 物 信 息 研 究 所 Victor Jongeneel 研 究 所 主 任 ANGIS 澳 大 利 亞 基 因 組 信 息 中 心 Tim Littlejohn ANGIS中 心 主 任 1998.4 EMBnet生 物 信息 講 習(xí) 班 1998.6 EMBL分 子 模 型培 訓(xùn) 班 1998.9 藥 物 設(shè) 計(jì) 培 訓(xùn) 班 1999.4 ICGE

26、B國(guó) 際 生 物信 息 講 習(xí) 班 1999.11 中 瑞 生 物 信 息討 論 班 2000.9 核 磁 共 振 培 訓(xùn) 班 2000.11 基 因 組 數(shù) 據(jù) 分析 講 習(xí) 班 1999.9起 理 論 生 物 學(xué) 討 論 班 2021-5-30 Introduction to BioinformaticsGraduate Course for 85 students from biology and medicine Do your experiment, at least once a year!- Sydney Brenner 開(kāi)拓生物技術(shù)新的研究領(lǐng)域- 生 物 信 息 數(shù) 據(jù) 管 理

27、 和 服 務(wù) 系 統(tǒng)生 物 信 息 學(xué) 是 當(dāng) 今 自 然 科 學(xué) 新 的 前 沿 領(lǐng) 域 ， 是 生 命 科 學(xué) 和 信 息 技 術(shù) 的 結(jié) 合 點(diǎn) ， 是 解 讀基 因 組 遺 傳 密 碼 的 重 要 工 具 。 “ 九 五 ” 期 間 , 863生 物 技 術(shù) 領(lǐng) 域 努 力 建 設(shè) 生 物 數(shù) 據(jù) 管理 和 服 務(wù) 系 統(tǒng) ， 為 我 國(guó) 生 物 信 息 學(xué) 研 究 以 及 生 物 信 息 資 源 的 應(yīng) 用 和 開(kāi) 發(fā) 服 務(wù) 。 北 京 大 學(xué) 生 物 信 息 中 心 數(shù) 據(jù) 資 源 上 海 生 命 科 學(xué) 院 生 物 信 息 中 心 主 頁(yè)在 863生 物 技 術(shù) 和 信 息 技

28、 術(shù) 領(lǐng) 域 支 持 下 ,北 京 大 學(xué) 生 物 信 息 中 心 在 引 進(jìn) 國(guó) 外 數(shù) 據(jù) 庫(kù) 和軟 件 工 具 方 面 做 了 開(kāi) 創(chuàng) 性 工 作 ， 已 建 成 國(guó) 內(nèi) 最 大 的 生 物 信 息 資 源 系 統(tǒng) 。 中 科 院 上 海生 命 科 學(xué) 院 生 物 信 息 中 心 建 立 了 中 國(guó) 核 酸 蛋 白 數(shù) 據(jù) 庫(kù) 和 生 物 信 息 網(wǎng) 站 ?！鞍?六 三 ” 生 物 信 息 數(shù) 據(jù) 管 理 和 服 務(wù)系 統(tǒng) 的 建 立 ， 為 我 國(guó) 生 物 學(xué) 、 醫(yī) 學(xué) 、藥 物 學(xué) 、 農(nóng) 業(yè) 和 環(huán) 境 科 學(xué) 的 研 究 開(kāi) 發(fā)提 供 信 息 資 源 服 務(wù) ， 為 建 立 國(guó)

29、 家 生 物信 息 中 心 奠 定 了 基 礎(chǔ) 。 北 京 大 學(xué) 863生 物 信 息 數(shù) 據(jù) 庫(kù) 中 心 八六三計(jì)劃十五周年成就展覽 I think we can not get a Nobel prize by what we are doing, but the Nobel prize winners know what we are doing for. Last, but not least Alan walking around the Genome Campus. Cambridge, 5 Oct 2000So, I will go to my death with smile. - Alan Bleasby