GenBank數(shù)據(jù)庫檢索.ppt

GenBank數(shù)據(jù)庫檢索及其應(yīng)用Entrez檢索功能,NCBI網(wǎng)站網(wǎng)址：http:/www.ncbi.nlm.nih.gov,簡介,檢索入口,基本檢索功能,特征欄輔助檢索,檢索結(jié)果的顯示,GenBank數(shù)據(jù)庫是由美國國立生物技術(shù)信息中心（NCBI）維護(hù)的一級核酸序列數(shù)據(jù)庫。,GenBank數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)來源有三種：1、直接來源于測序工作者提交的序列；2、與其它數(shù)據(jù)機(jī)構(gòu)協(xié)作交換的數(shù)據(jù)；3、美國專利局提供的專利數(shù)據(jù)。,簡介,檢索界面,簡介,1、基本檢索界面,Nucleotide數(shù)據(jù)庫分為三個子數(shù)據(jù)庫：,EST:表達(dá)序列標(biāo)記數(shù)據(jù)庫GSS:基因組測序序列數(shù)據(jù)庫CoreNucleotide:包含所有未被以上兩個子數(shù)據(jù)庫收錄的核苷酸序列,檢索界面,簡介,1、基本檢索界面,2、跨庫檢索界面,簡介,檢索界面,基本檢索功能,（一）字段限制檢索、強(qiáng)制短語檢索,（二）特殊標(biāo)志符檢索,（四）范圍檢索,（三）序列長度檢索,簡介,檢索界面,基本檢索功能,（一）字段限制檢索、強(qiáng)制短語檢索,rasGENE,檢索限定詞：,1、基因名稱的檢索限定詞：GENEorGENENAME2、生物體名稱的檢索限定詞：ORGNorORGANISM3、作者姓名的檢索限定詞：AUTHorAUTHOR,獲取所需要的基因序列,顯示方式,序列號,物種信息,作者信息,選擇顯示模式為FASTA,序列信息,保存序列信息,點(diǎn)擊send選擇file，格式為FASTA,選擇顯示方式為Graphics,編碼蛋白質(zhì)的序列信息,點(diǎn)擊顯示蛋白質(zhì)編碼序列,蛋白質(zhì)氨基酸序列,簡介,檢索界面,基本檢索功能,（二）特殊標(biāo)志符檢索,（一）字段限制檢索、強(qiáng)制短語檢索,特殊標(biāo)志符的格式(核酸序列)：,2、GenBank/EMBL/DDBJ序列接受號：(1)1個字母+5個阿拉伯?dāng)?shù)字e.g.：U12345(2)2個字母+6個阿拉伯?dāng)?shù)字e.g.：AY123456，Af123456,1、序列辨認(rèn)號(GI)：一串阿拉伯?dāng)?shù)字e.g.：19440733,（1）mRNA記錄（NM_*）:e.g.:NM_000492（2）基因組的DNA重疊群（NT_*）:e.g.:NT_000347（3）完整的基因組或染色體（NC_*）:e.g.:NC_000907（4）基因組的局部區(qū)域（NG_*）:e.g.:NG_000019（5）從人類基因組注釋、加工得到的序列模型（XM，XP，orXR_*）：e.g.:XM_000483,特殊標(biāo)志符的格式（核酸序列）：,3、RefSeq（ReferenceSequence）序列接受號:,特殊標(biāo)志符的格式（核酸序列）：,4、PDB序列接受號：個阿拉伯?dāng)?shù)字個字母e.g.：TUP,序列接受號的檢索限定詞為ACCNorACCESSION,簡介,檢索界面,基本檢索功能,（一）字段限制檢索、強(qiáng)制短語檢索,（二）特殊標(biāo)志符檢索,（三）序列長度檢索,序列長度的檢索限定詞：SLEN,簡介,檢索界面,基本檢索功能,（一）字段限制檢索、強(qiáng)制短語檢索,（二）特殊標(biāo)志符檢索,（四）范圍檢索,（三）序列長度檢索,范圍檢索：中間用冒號連接,1、序列接受號范圍檢索：AF114696:AF114714ACCN2、序列長度范圍檢索：3000：4000SLEN3、日期范圍檢索：2005/01：2006/09/26MDATorPDAT,簡介,檢索界面,基本檢索功能,特征欄輔助檢索,限制檢索（Limits）,高級檢索（AdvancedSearch）,檢索史管理（History）,剪貼板管理（Clipboard）,詳細(xì)匹配過程（Details）,限制檢索,高級檢索,簡介,檢索界面,基本檢索功能,特征欄輔助檢索,限制檢索（Limits）,限制基因位點(diǎn),限制序列片段的顯示,限制數(shù)據(jù)來源,限制數(shù)據(jù)發(fā)布日期,限制數(shù)據(jù)修訂日期,簡介,檢索界面,基本檢索功能,特征欄輔助檢索,限制檢索（Limits）,高級檢索（AdvancedSearch）,預(yù)檢索輸入框,添加檢索詞,索引檢索,預(yù)檢索結(jié)果,簡介,檢索界面,基本檢索功能,特征欄輔助檢索,限制檢索（Limits）,高級檢索（AdvancedSearch）,檢索史管理（History）,簡介,檢索界面,基本檢索功能,特征欄輔助檢索,限制檢索（Limits）,高級檢索（AdvancedSearch）,檢索史管理（History）,剪貼板管理（Clipboard）,簡介,檢索界面,基本檢索功能,特征欄輔助檢索,限制檢索（Limits）,高級檢索（AdvancedSearch）,檢索史管理（History）,詳細(xì)匹配過程（Details）,剪貼板管理（Clipboard）,簡介,檢索入口,基本檢索功能,特征欄輔助檢索,檢索結(jié)果的顯示,序列相似性搜索,啟動相似性搜索,輸入序列號,選擇搜索的數(shù)據(jù)集,點(diǎn)擊開始搜索,相似性序列信息,GenBank記錄中特性表中的主要關(guān)鍵詞:,GenBank記錄中特性表中的限定詞:,GenBank和PubMed(序列數(shù)據(jù))檢索的比較：,1、GenBank的檢索結(jié)果是序列及其注釋信息；PubMed的檢索結(jié)果是與序列數(shù)據(jù)相關(guān)的文獻(xiàn)信息。2、GenBank數(shù)據(jù)更新早于PubMed，GenBank數(shù)據(jù)庫的檢全率高于PubMed。3、GenBank可對序列數(shù)據(jù)進(jìn)行限制檢索，而PubMed只能對文獻(xiàn)、雜志、作者等進(jìn)行限制檢索，因而GenBank數(shù)據(jù)庫的檢準(zhǔn)率也高于PubMed。,課后練習(xí),用GenBank數(shù)據(jù)庫搜索”SARScoronavirusBJ01”的全基因組序列信息并下載保存，查詢該基因所產(chǎn)生的蛋白質(zhì)序列信息。用BLAST模塊對該基因序列進(jìn)行相似性搜索。,謝謝！,