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1、word
用BankIt向NCBI在線(xiàn)提交序列
向NCBI提交序列常用的方法有兩種，其一是在線(xiàn)提交的BankIt，其二是用軟件Sequin。在此結(jié)合網(wǎng)絡(luò)牛人實(shí)際操作經(jīng)驗(yàn)來(lái)總結(jié)下如何通過(guò)BankIt在線(xiàn)提交DNA?或RNA序列，供參考。
1.整理序列信息：包括病原采集地、病原的寄主、寄主癥狀、采集人等根本信息;還有序列分析結(jié)果，包括序列全長(zhǎng)大小，開(kāi)放閱讀框(ORF)的長(zhǎng)度、位置與特定ORF序列翻譯的氨基酸?序列等基因水平的信息，這對(duì)于接下來(lái)的快速準(zhǔn)確提交序列與提交成功后為全世界其他作者準(zhǔn)確全面分享此類(lèi)信息很重要;
2.登陸B(tài)ackIt站點(diǎn)，注意到頁(yè)面右邊的“Sign in to use
2、BankIt〞標(biāo)簽，點(diǎn)擊登錄進(jìn)入。如果沒(méi)有賬號(hào)就注冊(cè)一個(gè)(注意，此賬號(hào)與ncbi?賬號(hào)不通用)。
附 注冊(cè)賬號(hào)步驟，需要填寫(xiě)的項(xiàng)目為：
Title：你的職位或頭銜
First name：名
last name：姓
login：登陸名
Affiliation：所屬機(jī)構(gòu)地址，一般填寫(xiě)自己學(xué)校地址
Address：通信電郵，填完后會(huì)發(fā)隨碼到此電郵地址，使用隨碼進(jìn)展登陸，當(dāng)然登陸后可對(duì)密碼進(jìn)展重置;
3.登陸B(tài)ankIt，看到如如下圖所示界面，此時(shí)NCBI會(huì)自動(dòng)分配一個(gè)SubmissionID，但不是最終的提交序列ID：
接下來(lái)共有九個(gè)步驟(好事多磨)：
3.1 Cont
3、act Information
填寫(xiě)個(gè)人、機(jī)構(gòu)、電郵等資料集聯(lián)系方式，如果錯(cuò)誤該頁(yè)會(huì)有ERROR提示直到正確填寫(xiě)，填寫(xiě)完畢點(diǎn)擊CONTINUE;
3.2 Reference
填寫(xiě)參考作者信息(Reference author)與序列相關(guān)信息，比如該序列是否對(duì)應(yīng)有文章，如單純提交序列如此只需選擇Unpublished即可(Reference title項(xiàng)可以填入“Direct Submission〞)，有的話(huà)就填寫(xiě)已發(fā)表文章的信息(卷、期等)，接下來(lái)會(huì)問(wèn)你該序列的提交者是否是序列的發(fā)現(xiàn)者等信息，填寫(xiě)完畢點(diǎn)擊CONTINUE;
※提示：新版的BankIt中，接下來(lái)會(huì)有“Sequen
4、cing Technology〞一項(xiàng)，呈現(xiàn)有454、Illumina、SOLiD與Other等測(cè)序方法選擇，目前為“Sanger dideoxy sequencing〞即一代測(cè)序方法測(cè)序，并且所提交的序列均為“assembled sequences〞，目前的“assembly program〞為“〞。
3.3 Nucleotide
包括三個(gè)小項(xiàng)：Submission Release Date(期望NCBI什么時(shí)候公布你的序列)、16S rRNA submissions(該序列是否為16S rRNA)、Sequence(s) and Definition Line(s)(會(huì)提示問(wèn)你該序列是否
5、為全長(zhǎng)genomic DNA、線(xiàn)狀或環(huán)狀等、序列長(zhǎng)度，需要復(fù)制序列或提交FASTA格式文件)，如假如序列長(zhǎng)度與復(fù)制序列或FASTA文件長(zhǎng)度不同如此會(huì)有提示，需要重新提交序列，依次選擇即可。一般選擇“Immediately after Processing〞，“非16S rRNA〞，“genomic DNA〞，“circular〞，“plete〞等信息，然后將全序列粘貼到下方的空格中，別忘了在上方寫(xiě)上總核苷酸數(shù)。完后審查看有沒(méi)有錯(cuò)誤，繼續(xù)CONTINUE;
3.4 Organism
填寫(xiě)Organism(病原物)的名字，即序列公開(kāi)顯示時(shí)候的標(biāo)題(如MYVYNV別離物序列“Malvastr
6、um yellow vein Yunnan virus isolate SC226-5, plete genome")，點(diǎn)擊CONTINUE后會(huì)出現(xiàn)自動(dòng)檢索項(xiàng)目，核對(duì)后(有可能會(huì)進(jìn)展選擇)繼續(xù)CONTINUE;
3.5 Submission Category
提交疇，是否直接提交或通過(guò)第三方Annotation提交(不是太清楚什么意思，可能指的是從EMBL和DDBJ中導(dǎo)入的數(shù)據(jù)吧)，一般為直接提交，如如下圖示選擇Original，繼續(xù)CONTINUE;
3.6 Source modifier
選擇該病原物的種類(lèi)，比如質(zhì)粒、線(xiàn)粒體等;
Source modifier下拉菜單與后
7、面的Value設(shè)置：進(jìn)一步選擇該病原物獲取信息，比如Country、Host、Clone、Collection date、Strain/Isolate等，至少三項(xiàng)(Organelle/Location為細(xì)胞器/位置，該項(xiàng)可以不填寫(xiě))，否如此該項(xiàng)不通過(guò)，盡量信息全面真實(shí)，需要繼續(xù)添加如此點(diǎn)擊Add，填寫(xiě)完畢查看下方已填寫(xiě)表格進(jìn)展信息核對(duì)，然后CONTINUE;
3.7 Primers
PCR引物項(xiàng)目，可選項(xiàng)目，不想填寫(xiě)可CONTINUE;
3.8 Features(※)
該步驟重要!將用到之前準(zhǔn)備的容，比如序列ORFs等信息的填寫(xiě)，并根據(jù)之前的選項(xiàng)來(lái)填寫(xiě)該步驟，比如需要將DNA翻
8、譯為氨基酸序列并進(jìn)展復(fù)制粘貼等，該步操作只需將之前準(zhǔn)備信息錄入即可，比擬耗時(shí);
點(diǎn)擊下方“ADD〞鍵，頁(yè)面將切換為↓
在這里我們需要錄入更多與該序列有關(guān)的信息，最主要的就是錄入之前已經(jīng)整理好的序列里面的開(kāi)放閱讀框(ORF)信息：Genetic Code設(shè)置為〞Standard“，5'和3'都勾選上，Protein Name/Protein Description項(xiàng)都填寫(xiě)，將特定區(qū)域(ORF)的核苷酸序列翻譯為氨基酸序列后(除去末端的終止子)復(fù)制到下方的〞Amino Acid Sequence“框中，依次錄入即可。在這里越詳細(xì)越好，具體參照實(shí)際操作;
3.9 Review and Correct
對(duì)已填寫(xiě)信息進(jìn)展復(fù)核與提交，并被告知在2個(gè)工作日之會(huì)收到NCBI電郵，需要進(jìn)一步對(duì)序列進(jìn)展審查核對(duì);
4.至此，根本序列提交已經(jīng)完工，剩下的事情就是等待審核，大概兩個(gè)工作日后會(huì)收到來(lái)自NCBI工作人員的電郵，如有問(wèn)題會(huì)通知你進(jìn)一步修改信息直到完全無(wú)誤，包括以后的承受序列號(hào)，即你的序列會(huì)出現(xiàn)在NCBI里面世界上唯一的一個(gè)界面里。
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用BankIt向NCBI在線(xiàn)提交序列
